孙中山先生于1912年4月1日颁布临时大总统解职令辞去临时大总统职务后，命黄兴为南京留守。当时清廷初被推翻，一帮满清贵族，心犹不死，企图破坏共和，阴谋复辟。他们组织了反动团体“宗社党”，并呼朋啸类，创立“九龙会”潜入各地的杂牌军队伍中，煽动暴动。再加上黄兴南京留守府的主要任务就是裁军，也引起了一些不满。故在4月11日黄兴赴沪筹措军饷返宁之前夕，发生了赣军兵变。
兵变发生在夜间8、9点钟左右，参加者系赣军的一个旅，约两三千人。该旅旅长姓邓，旅部就设在城北丁家桥南洋劝业会内（即今国民党中央党部遗址）。叛兵冲出营房后，沿大路至唱经楼、北门桥一带，开始抢劫商店住户，幸留守府及时调遣军队前往镇压，不到五六小时，即全部平息。除当场格毙外，事后处死的有七八百人之多，统统拉到留守府后面的水塘中砍杀或枪决。由于来不及枪决和杀头，竟用铡刀来铡，一次十人，惨不忍睹，头颅抛掷水塘中很多。
该处决案是由军法局开了一个名单，送交徐宗汉（黄兴夫人）代黄兴用朱笔批了一个“杀”字，并画了一个大圈，即令执行。
