孔仁（？~公元23年）新莽时期司命将军，王莽即真，夺公辅之任，损宰相之威，以刺举为明，徼讦为直。尤备大臣，抑夺下权，朝臣有言其过失者，辄拔擢。孔仁、赵博、费兴等以敢击大臣，故见信任，择名官而居之。孔仁享有“翟方进”之誉。
王莽天凤二年（公元１５年） 塞上发生大饥荒，物价飞涨，粮食奇缺。五原郡、代郡守卫边塞的士兵，长期得不到轮换，衣食没有保证，起义数千人，并攻打其它郡县。王莽派孔仁带兵进行镇压。这次起义坚持了一年多时间，最后失败。
天凤五年(公元18年）王莽的孙子功崇公王宗因自画被服天子衣冠的图像而被定罪，他刻了三块印，一块是“维祉冠存己夏处南山臧薄冰”，一块是“肃圣宝继”，还有一块是“德封昌图”。王宗的舅舅吕宽全家被流放到合浦，私下与王宗交通，被发觉后严加追究，王宗自杀。王莽下诏说，王宗本属皇孙，爵位上公，知道吕宽谋反叛逆，而私下与之勾结交通。又私刻三颗铜印，表露出的意思是贪得无厌，危害巨大，觊觎改号，赐谥号为“功崇侯缪伯”。因为王宗的事牵连到姐姐王妨的丈夫卫将军王兴，王妨因诅咒婆婆，怕被发现杀死奴婢灭口。事发扣，王莽让中常待带(di)恽责问王妨，王妨与王兴皆自杀。事情还牵连到司命孔仁的妻子，也自杀了。孔仁脱下帽向王莽谢罪，王莽使尚书弹劾孔仁，擅自去掉天文冠为大不敬。不再追究他的罪，而是又给他换了顶帽子。
地皇三年（公元22年）四月绿林山一带发生了疫病，起义者死伤很多，绿林军便分兵转移，有下江兵、新市兵、平林兵三支队伍，很快发展壮大起来。王莽派遣孔仁、严尤、陈茂等前去就地募兵，以镇压起义者。但不与兵符。
地皇四年(23年)三月，王莽得知汉军已经立刘玄为帝，王莽极为惊恐，命令太师王匡、国将哀章、司命孔仁、兖州牧寿良、卒正王闳、扬州牧李圣亟进所部州郡兵凡三十万众，迫措青、徐盗贼，前去镇压赤眉军。又命纳言将军严尤、秩宗将军陈茂、车骑将军王巡、左队大夫王吴亟进所部州郡兵凡十万众，迫措前队丑虏，镇压汉军（前队指南阳）。王莽当时还幻想利用声威将汉军吓散，声称“前以虎牙将军东指则反虏破坏，西击则逆贼靡碎”。想一口吃掉绿林和赤眉两股力量，知道不可能后，他又变更计划，遣大司空王邑驰传之洛阳，与司徒王寻发众郡兵百万，专门攻打汉军。成昌之战，有力地牵制和消耗了王莽的力量，为绿林军在南方的发展帮了大忙。次年，绿林军在南方相继取得了几个大胜利，并在昆阳之战中彻底摧毁了王莽军的主力。
地皇四年（公元23年）扬州牧李圣、司命孔仁在山东地区吃了败仗，李圣战死。孔仁率领部众投降，过后又叹息说：“我听说，吃人家的饭就要为人家的事业效命。”于是拔剑自杀了。曹部监杜普、陈定大尹沈意不肯投降，被汉军杀死。九江连率贾萌举兵欲诛王莽，有飞蜂附萌车衡，丰谏以为不祥之徵，萌不从，果见杀。
