上海市公积金管理中心是直属市政府的不以营利为目的的独立的事业单位。下设11个职能处室：党委办公室（组织人事处）、综合秘书处、政策法规处、计划财务处、贷款管理处、归集管理处、审计稽核处、信息管理处、技术开发处、事务受理办公室、网站管理办公室。下设11个区（县）管理部：市区、宝山区、嘉定区、浦东新区、青浦区、闵行区、南汇区、松江区、奉贤区、金山区、崇明县。
上海市公积金管理中心主要职责：
1 、贯彻执行有关住房公积金管理的法规、规章和政策；结合本市实际，拟订住房公积金具体管理办法和措施，经市住房公积金管理委员会审议通过后实施。
2 、编制住房公积金的归集、使用计划，经市住房公积金管理委员会批准后组织执行；编制住房公积金归集、使用计划执行情况的报告。
3 、负责记载职工住房公积金的缴存、提取、使用等情况，建立职工住房公积金个人明细账，向职工发放缴存住房公积金的有效凭证。
4、 编制住房公积金的预算、决算，经市财政局审核，报市住房公积金管理委员会审议后组织执行。
5 、负责住房公积金的统一核算；负责住房公积金的保值、增值和归还，提出住房公积金增值收益分配方案，经市财政局审核，报市住房公积金管理委员会审议后执行；申请并办理住房公积金呆坏帐的核销。
6 、负责住房公积金的归集；经市住房公积金管理委员会批准，审核、办理单位降低住房公积金缴存比例或者缓缴的申请；审批住房公积金的提取和个人住房公积金贷款的发放。
7 、提出本市住房公积金的具体缴存比例，经市住房公积金管理委员会审议后，报市政府批准，并负责组织实施缴存比例和基数的调整。
8 、对区县公积金中心、受托银行的住房公积金委托业务进行指导、监督和考核。
9 、拟定住房公积金年度财务报告，报市住房公积金管理委员会审议通过后，向社会公布。
10 、监督单位住房公积金的建立、缴存情况，对违反住房公积金管理规定的行为实施行政处罚。
11 、负责住房专项维修资金、住房补贴等房改资金的管理。
12 、承办市人民政府以及市住房公积金管理委员会决定的其他事项。
