重庆交通大学河海学院前身是创建于1960年的重庆交通学院水道及港口工程系，1985年开始招收硕士研究生，1997年水港工程系改名为河海建筑工程系，2003年成立河海学院。
河海学院现有“港口、海岸及近海工程”博士点1个，“港口、海岸及近海工程”、“水力学及河流动力学”、“水工结构工程”、“水利水电工程”、“水文学及水资源”、“岩土工程”、“自然地理学”7个硕士点，其中“港口、海岸及近海工程”为重庆市重点学科。学院具有水利领域工程硕士专业学位授予权。设有“港口航道与海岸工程”、“水利水电工程”、“环境科学”、和“地质工程”等7个本科专业。学院师资力量雄厚，有专任教师108人，其中教授22人，副教授（副研究员）42人，有新世纪“百千万人才工程”国家级人选、交通部科技英才、重庆市学术技术带头人、重庆市名师、振兴重庆争光贡献奖获得者等。
学院在长期的建设和发展过程中，十分注重学生能力素质的培养，学生能力强，综合素质高，普遍受到社会和用人单位好评。近五年来毕业生初次就业率均保持在90%以上。40多年来河海学院已为国家培养输送本科及硕士毕业生5000多人。一大批校友已成为知名学者、科技骨干、企业名流、领导干部，其办学质量和办学水平得到社会广泛赞誉。
河海学院具有优越的专业教学及科研条件。目前拥有水利水运工程教育部重点实验室、内河航道整治技术交通行业重点实验室、重庆市航运工程技术研究中心、重庆市高校水工建筑物健康诊断技术与设备工程研究中心、岩土与地质工程实验室、环境监测与污染控制实验室等。其中水利水运工程重点实验室建筑面积18310平方米，拥有港口工程实验厅、航道整治实验厅等7个大厅，并拥有占地面积约4万平米的大型露天试验场及大型的清浑水供回水系统。实验大厅内配备有多功能港池、变坡水槽等固定的实验研究设备30余台套，实验室拥有各类仪器设备总数936台套，配置有PIV流场仪、激光颗粒粒度分析仪、ADV激光流速仪,小尺度船模试验测试系统等目前世界上先进的量测仪器。
河海学院在长期的教学和科研实践中，积累了丰富的经验，完成了多项国家重大水运工程的研究、设计任务。在山区及库区河流航道整治、内河港口设计理论、水利枢纽通航理论及应用、水沙数值模拟技术、滑坡泥石流治理及地基处理、水工新结构新材料、水工结构水毁机理、交通行业环境保护等领域形成了优势和特色。
