第四军医大学西京消化病医院是在原西京医院消化内科基础上成立的，新建成的西京消化病医院于2008年9月24日开业。设有门诊部、急诊室、人工肝治疗中心、超声诊断治疗中心、海扶刀治疗中心等十个临床科室，其中，消化内科8个病区、胃肠外科3个病区，床位近400张，外科设有手术室及ICU,有设备齐全的实验室及国际学术交流中心，是目前国内规模最大、水平最高、设施一流的集教学、医疗、科研为一体的消化病专科医院。
西京医院消化内科成立于1954年，1978年被国家教委和国务院学位委员会批准为硕士点， 1985 年被总后卫生部批准为全军消化内科技术中心，1986 年被国家教委和国务院学位委员会批准为博士学科，1993 年被批准为博士后流动站。1995 年和1997 年先后被总后卫生部批准为全军消化病研究所和全军消化内科重点实验室，1998 年被国家卫生部批准为国家临床药理基地，1999 年被国家教育部批准为长江学者奖励计划特聘教授岗位学科。
第四军医大学西京消化病医院，是国家计委“ 211 工程”重点建设学科和国家教育部首批长江学者计划特聘教授学科。该所消化疾病诊治中心，病房现有 134 张床位、全军消化重点实验室面积 2200 平方米，目前与美国哈佛、耶鲁、普林斯顿等 5 所大学的相关实验室联合建成的国际分子医学研究中心 1100 平方米，中日国际消化内镜中心（ 1000 平方米），总面积约 6400 平方米，设备总值 1300 万元。消化内科的年门急诊量达 7 万人次 , 介入治疗数量达 1000 人次，内镜诊疗数量达 16000 人次， 已获得和在研国际及国家级课题 22 项，在读研究生 40 名，平均每月在国际学术期刊发表一篇论文，是集科研、教学与临床为一体在国内总体规模最大、实力最强的消化内科。
第四军医大学西京消化病医院的学术队伍结构合理，不仅有一批德高望重、学识渊博、国内外知名的老专家，而且有一批年富力强，学有成就的中青年骨干（平均年龄 36 岁）。院长樊代明院士、副院长吴开春教授、赵青川教授。其中 10 名曾赴在美、英、日等国家（或地区）进修过 1 年以上的归国学者， 2 人获得国家杰出青年基金， 1 人获首批国家优秀青年人才专项基金， 1 人获得军队杰出青年基金， 1 人获中国青年科学家奖， 1 人获求是实用工程奖， 1 人被中组部授予全国优秀共产党员称号， 1 人成为国家教育部长江学者计划特聘教授 , 有总后科技金星和新星各 1 人，总后一代名师 1 人。担任中华消化学会副主委等全国性学术职务 12 项，有 World J Gastroenterology 等 21 本杂志的编委，有中华消化杂志等 9 本杂志的副主编， 1 人担任两次国际学术会议的主席 , 有三名学者分别获得第 8 、 10 、 12 届世界消化病大会青年学者奖， 1 人获亚太地区消化病学会青年学者奖。
第四军医大学西京消化病医院选择了我国死亡人数最多的恶性肿瘤――胃癌为研究方向，在发现胃癌新抗原 MGAgs ，制备其抗体，克隆其基因，特别是用其建立了先进的胃癌早期诊断方法等方面做出了令国际上注目的研究成果，由国外专家提出在该所召开两次胃癌国际学术会议上，大会推举樊代明所长为主席。该所先后承担国际合作课题，国家 973 、国家 863 、国家攻关、军队攻关等课题。其中国家自然科学基金等各类课题达 33 项（目前在研课题 22 项）。 在 Cancer,Gut,Oncogen, Gastroenterology, J Hepatol Gastroenterology, International clinical practice, World J Gastroenterology 等国外杂志发表论文 20 余篇，在中华系列杂志。
