1958年5月，中国佛教协会福建省分会筹备组组成。经二年，正式成立中国佛教协会福建省分会，公推福慧法师为会长。1990年，据中国佛协有关精神，中国佛协福建省分会改名为福建省佛教协会，第二、三届会长为普雨法师，第四、五届会长为妙湛法师。
1994年，福建省佛协召开第六届代表会议，推选界诠法师为会长，传常、学诚、理文、妙果、净慧、如妙、陈珍珍为副会长。福建省佛教协会第七届代表会议于1998年10月在福州召开，151名代表出席会议，为历届代表最多的一次。会议推选学诚法师为会长，理文、普法、道元、如妙、心亮、本性法师为副会长，秘书长由本性法师兼任。本届领导班子和工作班子呈现出年轻化、知识化的特点。
福建省佛协的宗旨是：协助人民政府贯彻宗教信仰自由政策，维护佛教徒的合法权益；弘扬佛教教义，发扬佛教优良传统，加强佛教自身建设，兴办佛教事业；团结全省佛教徒参加社会主义物质文明和精神文明建设，为改革开放、经济建设、祖国统一、世界和平作贡献。
在组织结构上，福建省佛协下设秘书处、教务处、院校处、办公室、基金委员会。基金委员会下有《福建佛教》季刊、《通讯》月报、佛教图书馆。省佛协同仁在做好有关会务的同时，积极开展对外友好交往、翻印经书及翻录音带（免费赠送）、放生、佛学讲座、念佛法会、解困、扶残、助学等弘法利生活动。如1998年，福建省佛协本部翻印律宗经典《南山三大部》2000套，每套10大册；弘一法师《钞记扶桑集释》2000套，每套2册，这两种书为解放以来之首印，其它佛教通俗读物7万册。出版《福建佛教》4期，1万2千册；《通讯》12期，3万6千份。举行放生法会25场、念佛法会50多场、佛学讲座40多场；助残助学慈济款19万元；助三峡库区搬迁费10万元；资助闽北及长江流域等水灾地区20万元。
直属福建省佛协的单位还有福建佛学院和福建佛教中草药肿瘤门诊部。中草药肿瘤门诊主治医师姚丽娟居士，以佛教中草药方治癌症，颇有疗效，深受海内外患者信赖。 福建省佛协本部，现有员工40名（福建佛学院、中草药肿瘤门诊部员工不计在内）。每周五下午全体员工集体学习，主要内容有爱国主义、时事。每周一上午，驻会副秘书长以及有关人员开办公会议，民主讨论研究决定会务。
各个部门皆有整套比较详细可操作的管理规章制度，每个员工有明确的分工，责任到人，又分工合作。
值得强调的是，福建省佛协自恢复以来，已主办17次传戒大法会，法会如法如律和良好的管理秩序颇受广大戒子和有关人士的好评。
