南京大学地学院是南京大学历史上的学院之一，肇始于中国最早创立的地学系。
历史1920年南京高等师范学校时期，设立中国最早的地学系，设地理气象和地质矿物组。
1930年中央大学时期，地学系分为地理系和地质系。地理系设地理、气象两组。
1944年，地理系气象组独立气象系。此时，地质系、地理系、气象系均设在理学院内。
改革开放后，原地学系发展而来的地质系、地理系、气象系设在新成立的地学院内。
1986年，气象学系更名为大气科学系。
1986年，地质学系更名为地球科学系。2008年，地球科学系扩充为地球科学与工程学院，分为地球科学系、水科学系、地质工程与信息技术系。
1987年，地理学系易名为大地海洋科学系；1995年，又易名为城市与资源学系。2006年，原城市与资源学系撤系建院，更名为地理与海洋科学学院，下设国土资源与旅游学系、城市与区域规划系、地理信息科学系、海岸海洋科学系。
现状经过多年发展及调整，原地学院目前分为如下院系：
地球科学与工程学院
地球科学系
水科学系
地质工程与信息技术系
大气科学系
地理与海洋科学学院
国土资源与旅游学系
城市与区域规划系
地理信息科学系
海岸海洋科学系
