牡丹江医学院第二附属医院是一所集医疗、教学、科研、预防保健于一体的三级综合医院，是牡丹江唯一一家“美国唇腭裂微笑列车合作医院"，“世界眼科组织黑龙江省牡丹江市李兆基眼科中心”就设置在牡丹江医学院第二附属医院，拥有牡丹江市唯一一所五官病医院，医院占地面积33405平方米，建筑面积37489.69平方米，住院床位数800张，职工人数926人，中级以上职称353人。 医院高度重视人才培养，实行人才群体战略，分别与东方肝胆外科医院、黑龙江省医院、哈尔滨医科大学附属第四医院建立了全面的技术合作和人才交流关系，先后选派63名技术骨干到国内外医院进修学习，聘请国内知名专家来医院进行业务讲学和技术指导。
医院消化内科是黑龙江省的重点学科，肝胆外科、妇产科是牡丹江市的重点学科，这些学科均已达到牡丹江市领先水平。
医院拥有大型诊疗设备：德国生产的西门子双层螺旋CT、彩色超声诊断仪、日本产的高档黑白B超、法国产的彩色三维脑多普勒、肌电图机、高压氧舱、碎石机、人工肾（血液透析机）、美国产熊牌呼吸机、进口麻醉机、800mAX线机、骨科C臂X线机、心脏血压动态监测仪、奥林巴斯电子胃镜、电子肠镜、纤维支气管镜、全自动生化分析仪、血液细胞分析仪、手术显微镜、近/远程胎儿监护仪、腹腔镜妇科手术器械、数码超声刀、电测听、声阻抗以及各种监护设备等。
医院最先建立了黑龙江省东部地区最先进的内镜检查室、ICU（术后监护室）。血液透析中心拥有先进的德国水处理系统、德国的费森透析机以及日本的NIPRO—12透析机。
