苏州大学第二临床医学院设在苏州大学附二院，该院是创建于1958年的现代化综合性教学医院，又名核工业总医院、中法友好医院。
临床医学院历史悠久，师资力量雄厚，现有博士点7个，硕士点20个，临床医学博士后科研流动站1个，拥有中国工程院院士1人，国家级有突出贡献中青年专家2人，博士生导师33人，研究生导师136人，教授38人，副教授123人，还有一批部省级学科带头人和中青年骨干。
有临床医学教研室48个，研究所3个，研究室26个，实验室21个，应急中心2个，省部级重点学科3个。经教育部审定8个学科为全国医学教育进修基地。
临床医学系学术科研水平较高。附属第一医院在异体骨髓移植及干细胞移植治疗白血病、冠状大动脉造影、心脏搭桥术、心律失常诊断治疗、颅内肿瘤CT立体定向内放疗、脑胶质瘤及垂体瘤临床治疗、异体肾移植等新疗法新技术已分别达省内、国内、国际先进水平自78年以来共获得287项科研成果，其中国家级科技成果奖62项，部省级科技成果奖168项，市级科技成果奖109项。附属第二医院在脑胶质瘤导向诊断和治疗、脊柱及肢体血管、脑血管病的基础和临床研究成果已进入国际、国内、省内领先或先进行列。
附属第三医院在解决疑难杂症、抢救危重病人方面发挥了重要作用。血液、泌尿外科、心胸外科、神经外科等科室是市级重点专科，许多新技术、新疗法和科研成果在省内、国内有一定的影响。有的项目达到了国内先进水平。附属第四医院以胸心外科和肿瘤专科为主要特色，已形成手术、化疗、放疗、免疫、介入、中西医结合疗法等肿瘤综合治疗体系，已先后开展新技术，新项目200余项。
临床医学系国际交流广泛，先后与日本庆应大学、京都大学、名古屋保健卫生大学、法国巴黎第七大学、巴黎卫生局、美国罗马林达大学、纽约哥伦比亚大学医学院等单位建立了友好合作关系，并与日本、美国、法国、澳大利亚、加拿大、瑞士、东南亚等国家、地区和香港、台湾医学界建立了良好的学术交流关系。每年选派专家赴日本、美国、加拿大、法国、英国、澳大利亚、瑞士等国进修、访问、考察和学术交流。