西南大学药学院成立于2006年4月30日，是西南大学组建后以原西南农业大学动物科技学院药学专业、基础科技学院化工与制药专业和西南师范学院生命科学学院制药工程专业为基础的新建学院。学院现有教职员工50人，专任教师41 人，其中教授5名，副高职称16名，中级职称9名，高级职称教师占51%，中级职称22%；具有博士学位的 10人，硕士学位的20名，博士学位占24%，硕士占49%。外聘教师3名，外聘专家1名，另有在读博士 5名，在读硕士 2 名，有2名教授享受国务院特殊津贴。形成了一支结构合理的师资队伍。
学院占地面积5000多平方米，其中实验室面积4500平方米，教学科研仪器设备1100多万元。建成了面向本科生，涵盖药学、制药工程及相关学科的实验中心和研究生培养的科研基地，同时还建有十余个校外实习基地。
学院设有药学、生物制药、化学制药、中医药4个教研室和校级药学实验教学示范中心。有博士生导师3人、硕士生导师12人，在2个博士点和7个硕士点招收研究生。有药学、制药工程（包括生物制药方向和化学制药方向）2个本科专业。截止到2006年底，有全日制在校本专科学生776人，博士和硕士研究生75人。学生就业形势良好，受到用人单位好评。
学院建有药用资源化学、国际中兽医药、现代生物医药研究所和药物检测中心。目前，学院承担有国家杰出青年基金1项，国家自然基金项目3项，国家“973”子课题项目1项、省部级科研项目 7项，横向课题5项，在研项目经费400多万元。获省部级科技进步一等奖2项，省部级科技进步三等奖2项，国家发明专利5项，国家实用新型专利2项。教师年发表论文50多篇，其中SCI收录论文20多篇。显示出较强的科研实力。