吴昌时（？－1643年），字来之，浙江秀水人，一说嘉兴人。
天启四年（1624年），与郡中名士张采、杨廷枢、杨彝、顾梦麟、朱隗等十一人组织复社。崇祯七年（1634年）进士，官至礼部主事、吏部郎中。崇祯十年，薛国观因受贿，被吴昌时弹劾免职。昌时后依附周延儒，崇祯十四年，周延儒当相，昌时为文选郎中。昌时与董廷献狼狈为奸，把持朝政。最后毒害张溥。御史蒋拱宸弹劾吴昌时赃私巨万，给事中曹良直亦劾延儒十大罪，昌时百般辩解，称“祖宗之制，交结内侍者斩，法极森严，臣不才，安敢犯此？”明思宗亲自审问吴昌时，命用刑打断了吴的大腿，“司刑者将拱宸当头一下，纱帽为裂。帝愤恨，推倒案桌，迅尔回宫。”。有阁臣奏道：“殿陛用刑，实三百年来未有之事！”明思宗说：“吴昌时这厮也三百年来未有之人。”崇祯十六年冬十二月（1643年），被斩首示众。