《东南亚研究》于1960年创刊（最初的刊名为《东南亚研究资料》），文革期间停刊，1978年复刊。1987年改名为《东南亚研究》（季刊），内部发行，1988年改为国内外公开发行，1992年改为双月刊。迄今逾40年，已出版150多期，每期15万字。该刊现为全国中文核心期刊、社会科学引文索引（CSSCI）期刊（即统计源期刊）、中国学术期刊综合评价数据库来源期刊、中国人文社会科学引文数据库来源期刊。
《东南亚研究》的办刊宗旨是：坚持为改革开放和现代化建设服务，坚持突出东南亚特色，坚持学术性。本刊尤其注重及时全面地反映中国东南亚现状研究的成果；为发展和繁荣中国的东南亚研究发挥积极的作用；为保证刊物的质量，本刊实行双向匿名审稿制和特约撰稿人制度。本刊实行社长领导下的主编负责制，组织架构如下：
社长：曹云华
主编：邓仕超 副主编：张振江
编辑部主任：王宣