背景主条目：郑成功攻台之役
1644年，李自成攻陷中国北京，满人又击败李自成，并在北京建立清朝，200多年历史；统治中国的明朝自此正式灭亡。明朝部分遗臣在南方，先后拥立几位宗室为王，组织流亡政府，继续抗清，史称南明。南明势力之一郑芝龙及其儿郑成功是南明抗清的主力之一，主要在中国福建活动，而在郑芝龙投降清朝后，郑成功继承南明明郑势力，并继续从事抵抗清朝军事活动。惟1658年－1659年出兵南京失败后，迫于政经种种因素，郑成功决定转进荷兰东印度公司所统治的台湾。
1661年3月，郑成功在金门誓师。他亲率将士25000名、战船数百艘，自金门料罗湾出发，次日抵澎湖，1661年4月30日抵鹿耳门。并利用涨潮出敌不意地在鹿耳门及禾寮港登陆。以优势兵力包围荷军防守薄弱的普罗民遮城，并切断荷军水陆交通，不久，普罗民遮城守将猫难实叮献城投降。
农历四月七日，郑成功亲率大军对防御坚固的荷兰首府热兰遮城进行攻打。经派杨朝栋谕揆一投降无效后，即调集火炮朝城堡炮轰，然而在从大员市镇朝城堡进攻时，却遭荷军居高临下击退。之后郑军即采取长期围困，同时将多数部队派往各地囤垦以解决粮食不足的问题。五月二十八日，荷兰东印度公司得知台湾战况后，决定派七百人、战舰十艘赴台。七月五日抵达。之后双方稍有接触，但均无较大战事。至闰七月二十三日，双方再度海战，郑军经一小时激战，击毁荷舰二艘、俘小艇三艘、杀敌百余人，其余荷舰逃往远海。
1661年10月，荷军发动作最后一次攻击，但仍寡不敌众，之后又有德籍佣兵逃脱向郑成功说明堡内荷军士气低落，并指出欲取热兰遮城，必先取其卫星碉堡乌特勒支碉堡（位在今安平第一公墓），夺取该碉堡则可居高临下炮击热兰遮城最脆弱的四角附城。郑成功遂于1661年12月着手准备攻城计划。
十二月初（1662年1月25日）郑军于南鲲鯓发动总攻击，以大炮不停轰炸，当日即发出2,500发炮弹，其中1,700发左右打向乌特勒支碉堡，几乎将之夷为平地，荷兰守军被迫自行炸毁碉堡残余部分后撤退。此役彻底瓦解了热兰遮城内守军的士气，两天后大员评议会决定议和谈判。
大员长官揆一于同年十二月十三日（1662年2月1日）签字于缔和条约投降，至此，台湾台江领地，尽落明郑之手。
政治明郑围降荷兰东印度公司部队后，又迅速以屯兵和攻击台湾原住民等方式扩大领地，统治范围以今日台南地区为主。
明郑在政治上以明朝之一部自居，奉南明永历帝为正主，并以永历为年号，但实际统治者为延平郡王。郑成功仍在大陆发展时，曾获永历帝特准设置六官方便施政，并可委任官职，武官最高许达一品，文职可达六部主事。郑成功每次拜封官员，都请宁靖王朱术桂和明朝宗室在旁观礼，以示尊重体制。郑成功来台后，依然优礼明朝宗室，接待鲁王世子朱桓、泸溪王朱慈旷、巴东王朱江等多名宗室到台湾。1663年，继位延平郡王的郑经也迎宁靖王到台湾，于承天府府署（今台南市赤崁楼）旁的西定坊建立宁靖王府邸，并供岁禄。
郑成功抵台约一年后便即亡逝，延平郡王之位续传郑经、郑克塽二代，至1683年降清为止。明郑在台湾共23年。
行政区划1661年郑成功攻入台湾，五月占普罗民遮城，改赤崁为东都明京，台湾总地号为“东都”。设承天府，下辖天兴、万年二县，另设澎湖安抚司。
郑成功死后，郑经改东都为东宁，并于承天府之上再设东宁总制府。
职官延平郡王
延平郡王为明郑最高统治者，系南明永历帝赐于郑成功的封号，郑成功死后由郑经与郑克塽自行袭位。历任郡王及实际开始统治台湾的年份为：
郑成功：1661年 郑经：1662年 郑克塽：1681年延平郡王
国籍
首任
末任
任数
时间
行政中心
南明（明郑）
郑成功
郑克塽
3
1661年－1683年
台湾台南
承天府府尹明郑于1661年设置承天府作为最高地方行政单位，以承天府府尹主其事。1664年，承天府被郑经所废，承天府府尹亦裁撤取消。
承天府府尹
国籍
首任
末任
任数
时间
行政中心
南明（明郑）
杨朝栋
翁天祐
4
1661年－1664年
台湾台南
东宁总制1674年明郑设立东宁总制，作为郑经在三藩之乱期间前往中国征战时，留守台湾之用。担任此官职的为陈永华。而在郑经于中国的军事行动失利回台后，东宁总制仍持续保留。1680年5月，陈永华因病辞卸该官职，并于同年7月逝世。之后，即无人担任该官职。
东宁总制
国籍
首任
末任
任数
时间
行政中心
南明（明郑）
陈永华
陈永华
1
1674年－1680年
台湾台南
教育与经济明郑所建的全台首学
真正普遍在台湾实施教育的是郑成功建立于台湾的明郑政权。1661年郑成功击退荷兰东印度公司后，虽然隔年去世，不过继承者郑经与明郑主要官员陈永华积极从事台湾教育工作。1666年，陈永华于当时台湾首都承天府建造全台湾第一座孔庙，并在孔庙左厢内设置太学，即今该地全台首学由来，这也是全台湾的第一所由官方出资兴办的求学场所，名字称为官学，又因为设于孔庙内又称为儒学。
在经济方面，明郑于台湾经济史仍占有一定比例。其中，以经贸与农业为主。于农业经济方面，为了解决军队兵粮问题，不论郑成功或郑经基本上都贯彻“寓兵于农”的策略，也是诸将士平日分散各耕地，按镇分地、按地开垦。这种具有营盘田、文武官田的土地私有制，于定则征赋的经济模式下，大量提供经济产能。到了明郑中后期，陈永华的中央政府体制，除了可以行使及于全岛的主权力量，体制层次分明，让台湾宛然一独立国家，也着实变成一个个别经济体。从郑成功开始到郑经时期，台湾一直发行折二型的“永暦通宝”，通行全岛以及闽南地区。
为了军需民食，台湾农产重心由糖转米，这个农业经济的性格转变直至今日仍影响台湾。西元1665年，陈永华的农业水利更促使汉人移民至今高雄的方向发展。
除此，陈永华引进同安制盐法至台湾来发展盐业经济，除此尚有鹿皮、鹿角、鹿脯等土产的外销，因此多鹿的台湾，来自原住民团体的捕鹿业，也是早期台湾的重要经济产业活动。
除了农业外，英国、日本等国与台湾进行贸易往来，维持了台湾的经贸热络。例如英国东印度公司就曾与郑氏政权签订通商条约。
军事主条目：明郑军事
郑成功与陈永华、郑经经营的屯兵态势或军事规模是台湾首见。1662年，郑成功除固守金门数万水师之外，亲自率领约25,000名士兵攻打台湾大员，打败荷兰东印度公司的部队，展开对于台湾的统治。
明郑军事制度与组织渊源复杂，且经多次变革。如简化之，其官职大约可分为五军戎政（五军戎务）、总督军务、管军提督、将军、亲军卫镇、陆师镇、水师镇及监军数部份。
1683年明郑覆灭后，郑军将领与军队悉数被强迫内渡中国，而据《钦命太保建平侯郑造报官员兵民船只总册》，据守台湾的官兵共有37500名。
明郑
主要军事力量
兵力
统帅
指挥统治
时间
郑军
37500名以上
延平郡王
延平郡王、正总督
1662年－1683年
服色在清廷控制全中国的过程中，由于作出了剃发易服、圈地等规定，所以在中国遭到了大规模武装抵抗，导致了清兵的血腥镇压，尤其以江南一带为盛，如扬州十日、嘉定三屠。
明郑治台期间，台湾汉族居民其衣饰也遵循着明朝之制，此恰好与已为满族所统治的中国大陆，所施行的衣冠制度有别，而形成两种不同的衣饰文化。所以不论是郑成功他所穿着的胄甲战袍；或是头戴折上巾冠帽，身穿宽衣宽袖的交领官袍。还有协助郑成功担任策士的 何斌，他头戴四方儒巾，身穿宽衣交领大襟袍，也都是明代的式样。
康熙二十二年（西元1683年）明郑降清，台湾汉人的衣冠服仪制度也有所转变，根据文献的记载：“十九日（1683年7月），施琅遣侍卫吴启爵至台晓喻剃发…。二十日，克塽令兵民悉遵制削发。是日，福建总督姚启圣亦遣…至台招抚，见兵民已剃发，知功归于琅，…。十八日，克塽率文武官佐悉剃发易服”。从这段内容中得知郑氏王朝最后一位继承者郑克塽被招抚的过程。郑克塽已知政局大势已去，于是借由遵循满族男士衣冠制度中的“剃法之制”，以表彰归降于满清的心意。
往后，台湾人民的传统葬礼中，遂产生戴笠登椅之套衫仪式，俾使完成灵魂上不见清朝天、下不踏清朝地之意愿，以示未受满人之侮辱。
影响明郑统治台湾的时间虽然不长，对台湾之政治认同的发展却有极重要的意涵。一方面，它不只是台湾历史上第一个汉人政权，也是一个事实上独立的政权。郑成功在驱逐荷兰人以后，将大员改名为“东都”，为解决兵粮问题，令诸将士寓兵于农，按镇分地、按地开垦。到了郑经时，采陈永华之议，建立完整的中央政府体制，成为可以行使及于全岛的主权力量，体制层次分明，宛然一独立国家。郑经又将东都改为“东宁”。英国、日本等国家也将台湾视为一个独立国家进行贸易往来；英国东印度公司曾与郑氏政权签订通商条约，当时英国人直称其为“台湾王国”或“福尔摩莎王国”，英国东印度公司上书郑经时，则称呼其为“陛下（Your Majesty）”。正朔内涵郑氏政权一贯奉南明正朔，即使南明永历帝已在荷兰人向郑成功投降的同一年，也就是永历十六年时为吴三桂所擒杀，郑氏政权仍持续使用“永历”年号至永历卅七年降清为止，其间以“反清复明”为宿愿，推广教育亦在认同明朝，一直保持流亡政权的姿态。此外郑克塽系以“延平王”的身份向清朝投降，降表中载明缴纳“延平王金印一”、“招讨大将军金印一”。。
许多学者将1949年退守台湾的国民党政权类比为郑氏政权，因为他们都在大陆战败而转进台湾，同时也都宣称将以台湾作为复兴基地以便在未来“反攻大陆” 。郑成功是否“收复”台湾争论中华民国政府和中华人民共和国政府皆称“台湾自古以来就是中国领土”，郑成功占领台湾的行动属于“收复中国固有领土”。
然而并无任何证据显示郑氏政权建立之前，中国之行政权扩及台湾。《明史》并将台湾记载于外国列传中，视之为外国。澎湖自元朝起，成为中国版图。
此外，乾隆年间《重修福建台湾府志》序言：“台湾……然自宋元以前不登经传。至明季而后，始有荷兰屯聚……迨康熙癸未，始入版图，改隶郡邑。”，卷二又写道：“台湾府，古荒服地，先是，未隶中国版图。”。故由清朝皇帝的皇府的书籍以及官方的地方志而知，清人认知台湾在清朝之前不属于中国，而是1684年（康熙二十三年）才纳入中国版图。
而郑成功的行动为“收复台湾”的说法只有国共两党的人士和其学者为自身政治目的编造的，亦来自一封郑成功致荷兰末代总督揆一的劝降书：“然台湾者，早为中国人所经营，中国之土地也。久为贵国所据，今予既来索，则地当归我。……”（《台湾秘史》，郑刘著）。但实际上清代官方的文献，大都描述为此地乃先人故物，今我所欲得者地耳。余悉以归尔。
（参见：台湾历史）解读对当今所谓“台湾问题”持不同政治立场的学者，虽然立论的基础并不完全一样，却不约而同地对郑成功这个短暂的政权有着极高的评价。首先，和中国共产党相关方面的学者，盛赞郑成功是驱赶“红毛番”的民族英雄；再者，中国国民党方面的学者，则强调他“恢复中原”的志向、以及对明朝坚决效忠的国族情怀；第三，部份支持台湾独立的学者，则认为郑氏政权是台湾历史上的第一个独立王国。
注释^尹章义《延平王国的性质及其在国史上的地位》。 ^ 这个用法出自：李筱峰、刘峰松，1999，《台湾历史阅览》，页67。台北：自立晚报：“撤退到台湾的郑经将东都改为‘东宁’，天兴、万年二县，升为‘州’，他自称为‘东宁国主’，西洋人称之为King of Tyawan。他在答复清廷大臣明珠的信中，自称‘东宁建国’……郑经俨然建国于台湾了……”但这段文字中有几处问题：一、“郑经自称东宁国主”并无来源，不知出于何处。二、郑经致明珠的信，写的是“建国东宁”，而非“东宁建国”。且根据清人郑亦邹所著《郑成功传》，郑经在同时间致闽浙总督李率泰的信中写道：“至于厚爵重禄，永世袭封，海外孤臣无心于此。”以明朝孤臣自称。 ^ 中华民国(台湾)新闻局；《立国海岛之郑氏王国（1661～1683）》 ^ 公共电视台，福尔摩沙 ^ 2004，许雪姬总策划，《台湾历史辞典》，“朱术桂”条目，页303。台北：文建会 ^ 郑成功接待的宗室包括：鲁王世子朱桓、泸溪王朱慈旷、巴东王朱江、乐安王朱俊、舒城王朱著、奉南王朱熺、益王朱锆等。连横，《台湾通史》‧卷二十九，列传一‧宁靖王列传。 ^ 目前已有学者由承天府尹自永历18年后长期未设这点，认为郑经先裁承天府，后设东宁总制府，惟此一说法无法解释为何同一时期亦无天兴、万年两县（州）县令（知州）的人事纪录留存，在未见更确切文献证据前，仍采承天府上再设东宁总制府的传统说法 ^ ^ 黄昭堂，1996，《台湾沦陷论文集‧第二次大战前“台湾人意识”的探讨》，页81-109。台北：财团法人现代学术研究基金会。 ^ 赖建国，1997，《台湾主体意识发展与对两岸关系之影响》，页31。国立政治大学东亚研究所硕士论文。 ^ 国立编译馆编，1997，《国民中学认识台湾（历史篇）教科书》试用本，页30。台北：国立编译馆。 ^ 李筱峰，1995，《台湾，我的选择！：国家认同的转折‧混淆国家认同的历史教育：以现行国民中学历史课本教材为例》，页157。台北：玉山社。 ^ 张德水，1992，《激动！台湾的历史：台湾人的自国认识》，页41。台北：前卫。 ^ 周明峰，1994，《台湾简史》，页36-8。台北：前卫。 ^ （清）郑亦邹，1995，《赐姓始末‧郑成功传》，页46。台中：台湾省文献会。 ^ 张德水，前引书，页41。 ^ 杨新一，2000，《争台湾的主权：过去现在未来》，页45-46。台北：胡氏图书。 ^ 史明，1980，《台湾人四百年史》（上、下册）（平装普及版），页107。San Jose，Calif.：蓬岛文化公司。 ^ Long, Simen. 1991.Taiwan: China's Last Frontier.p.11,38. New York: St. Martin's Press. ^ 方白，1955，《郑成功》。北京：中国青年出版社。 ^ 黄天健，1950，《海天孤愤：郑成功复国史纪评》。台北：正中书局。 ^ 林浊水，1985，〈渡海〉，见林浊水等编《瓦解的华夏帝国》，页35-59。Irvine，Calif.：台湾出版社。
和明郑历史相关的史料
（按照作者姓氏汉语拼音的顺序排列）
不着撰人，1962，郑氏史料初编。台北：台湾银行经济研究室。 不着撰人，1963a，郑氏史料续辑。台北：台湾银行经济研究室。 不着撰人，1963b，郑氏史料三编。台北：台湾银行经济研究室。 川口长孺，1958，台湾郑氏纪事。台北：台湾银行经济研究室。 黄叔璥，1957，台海使槎录。台北：台湾银行经济研究室。 黄宗羲，1958，赐姓始末。台北：台湾银行经济研究室。 江日升，1960，台湾外记，方豪校勘。台北：台湾银行经济研究室。 彭孙贻，1959，靖海志。台北：台湾银行经济研究室。 阮旻锡，1958，海上见闻录。台北：台湾银行经济研究室。 沈云，1958，台湾郑氏始末。台北：台湾银行经济研究室。 市村赞次郎，1960，郑氏关系文书。台北：台湾银行经济研究室。 施琅，1958，靖海纪事。台北：台湾银行经济研究室。 夏琳，1958a，闽海纪要。台北：台湾银行经济研究室。 夏琳，1958b，海纪辑要。台北：台湾银行经济研究室。 杨捷，1961，平闽纪。台北：台湾银行经济研究室。 郁永河，1959，裨海记游。台北：台湾银行经济研究室。 郑亦邹、匪石、朱希祖，1960，郑成功传。台北：台湾银行经济研究室。
和明郑历史相关的学术研究书目（按照作者姓氏汉语拼音的顺序排列）
陈芳明，1996，郑成功与施琅：台湾历史人物评价的反思，见张炎宪、李筱峰、戴宝村编，台湾史论文精选（上），台北：玉山社。 陈三井总纂，1979，郑成功全传。台北：台湾史迹研究中心。 陈在正，1990，王忠孝与郑成功：关于明遗臣与郑成功关系的一个探讨 ，见台湾史研究会主编，台湾史学述研讨会论文集，第二集，页27-41。台北：台湾史研究会出版。 Croizier, C. Ralph. 1977.Koxinga and Chinese Nationalism: History, Myth, and the Hero. Cambridge, Mass.: Harvard University Press. 方白，1955，郑成功。北京：中国青年出版社。 黄天健，1950，海天孤愤：郑成功复国史纪评。台北：正中书局。 周雪玉，1992，施琅攻台的功与过。台北：台原。
参考书目（按照作者姓氏汉语拼音的顺序排列）
《南明史》：顾诚，中国青年出版社出版，2003年12月2版陈芳明，1996，郑成功与施琅：台湾历史人物评价的反思，见张炎宪、李筱峰、戴宝村编，台湾史论文精选（上），台北：玉山社。 方白，1955，郑成功。北京：中国青年出版社 。 国立编译馆编，1997，国民中学认识台湾（历史篇）教科书，试用本。台北：国立编译馆。 黄天健，1950，海天孤愤：郑成功复国史纪评。台北：正中书局。 黄昭堂，1996，第二次大战前“台湾人意识”的探讨，见黄昭堂，台湾沦陷论文集，页81-109。台北：财团法人现代学术研究基金会。 赖建国，1997，台湾主体意识发展与对两岸关系之影响。国立政治大学东亚研究所硕士论文。 栗原纯，1995，清朝以前，见若林正丈、刘进庆、松永正义编著，台湾百科，增订版，台北：克宁出版社。 李筱峰，1995，混淆国家认同的历史教育：以现行国民中学历史课本教材为例，见李筱峰著，台湾，我的选择！：国家认同的转折，页143-62。台北：玉山社。 林浊水，1985，渡海，见林浊水等编，瓦解的华夏帝国，页35-59。Irvine，Calif.：台湾出版社。 Long, Simen. 1991.Taiwan: China's Last Frontier. New York: St. Martin's Press. 卢建荣，1999，入侵台湾：烽火家国四百年。台北：麦田出版。史明，1980，台湾人四百年史（上、下册）（平装普及版）。San Jose，Calif.：蓬岛文化公司。 许极墩， 1996，台湾近代发展史。台北：前卫。 杨新一，2000，争台湾的主权：过去现在未来。台北：胡氏图书。 张德水，1992，激动！台湾的历史：台湾人的自国认识。台北：前卫。 周明峰，1994，台湾简史。台北：前卫。 《清史稿》