南通大学公共卫生学院前身是1986年8月成立的南通医学院卫生系。2004年8月合并组建南通大学后，成立了南通大学公共卫生学院。
学院现有全日制在校本科生700余人。设有“流行病与卫生统计学”、“营养与食品卫生学”、 “职业医学与环境毒理学”、“医学检验学”、 “卫生经济与管理学”及“预防医学”等6个教研室和公共卫生学院实验中心。目前有“预防医学”、“临床医学（医学营养学专业方向）”、“医学检验学”、“公共事业管理（卫生经济与管理专业方向）”等4个本科专业方向，其中预防医学专业是江苏省特色专业、医学检验是江苏省重点临床专科。“流行病与卫生统计学”、“医学检验学”及营养与食品卫生学”3个学科是南通大学校重点学科。学院有“流行病与卫生统计学 ”及“医学检验诊断学”2个硕士点。“南通大学生命分析化学研究所”是1个多学科交叉的校级研究机构。
学院现有教职工53人，其中专任教师36人。专任教师中，具有教授职称的3人，副教授职称的7人，高级职称人数占专任教师总数的29％。讲师7人，占专任教师总数的20％。学院有博士5人，硕士23人，具有研究生学历人数占专任教师总数的81％。
学院注重教学研究，涉及教学改革和教学研究的项目6项，2000年以来完成和发表教学研究论文12篇，出版专著和教材17部。获校级优秀教育教学成果一等奖2项、二等奖3项； 2004年获省高等教育教学成果二等奖2项。“卫生统计学”、“医学统计学”曾被江苏省教育厅评为“一类优秀课程”和“省优秀研究生课程”。注重本科生的毕业论文（设计）这一重要教学环节，2006年被南通大学评为本科生毕业论文（设计）优秀组织奖；在江苏省大学生优秀毕业论文评选中，2004-2005年该院学生论文获一等奖1项，二等奖2项，三等奖2项，成绩列为学校各学院之前茅。
目前学院主持的项目有国家自然科学基金2项，省社会发展基金2项，市厅级项目10项，校级项目10项。近5年获市科技进步奖3项，公开国家发明专利1项，发表学术论文60篇，其中SCI收录10篇。此外，经过不懈努力，获得“江苏省生命化学基础实验室示范中心”建设经费、“中央与地方共建公共卫生学院实验室”建设经费及“南通市化学物安全性毒理学评价公共技术服务性平台”建设经费共450万资助，用于教学实验室的硬件与软件建设，大大改善了实验教学条件，促进了教学。
学院积极开展对外学术交流与合作，特别是教学改革和研究方向的合作，05至06年参加全国性教学经验交流会6次。有一人登上美国讲台，到Idaho州立大学进行了为期一周的讲学。另有2人分别赴加拿大和德国进行学术访问。
学院有博士生导师1人，硕士生导师7人；有1 人被评为江苏省“青蓝工程”中青年学术带头人，有2 人获江苏省“青蓝工程”优秀青年骨干教师；有1人获江苏省“333高层次人才培养工程”首批中青年科技带头人，有1人获南通市中青年创新创业领军人才，有1 人被评为南通市专业技术拔尖人才。有1 人被列为江苏省“333工程”第三层次培养对象，有1 人获江苏省“六大人才高峰”高层次培养对象。有1人被评为南通大学2007年必胜达杯“我最喜爱的老师”。有3人被评为南通大学优秀教育教学工作者。
该学院是江苏省预防医学会理事单位，江苏省环境诱变剂协会理事单位，南通市农药协会理事单位。有1人担任（2007－2010年）教育部高等学校医药学科（专业）教学指导委员会预防医学专业教学指导分委员会委员。有6人担任国家级及省级期刊杂志的副主编、编委及常务编委；有5人在省部级学会担任副理事长、理事职务。
通过要求学生早期接触临床、接触现场，培养专业兴趣，巩固专业思想；增强社会责任感，培养社会活动和组织能力，使学生全面素质得到拓展和提高。培养出 “厚基础，精专业，能力强” 及科学精神与人文精神相结合的具有创新能力和高度社会责任感的人才。2004至2007四年来，报考研究生平均录取率15.52％；四级英语平均通过率70.01％；六级英语平均通过率26.98％；毕业生平均就业率90.34％。
学院以邓小平理论和三个代表重要思想为指导，树立和落实科学发展观，以发展为第一要务，以教育教学为中心，以学科建设为龙头，以队伍建设为关键，以改革创新为动力，以党建和思想政治工作为保证，全面提升办学整体水平和综合效益，打造南通大学文化，构建和谐氛围，为地方经济建设和社会发展提供有力的人才和智力支撑。
