南郭寺位于天水市城南二公里的慧音山坳，乃陇右第一名刹，风景优美，古树参天。此寺内植汉柏唐槐，更经诗人杜甫游览题咏，“南山古柏”自古就是秦州八景之一。
据考南郭寺始建于北朝，距今已有一千六百多年历史。宋代称“妙胜院”，清乾隆敕赐为“护国禅林院”，现为甘肃省文物保护单位。
南郭寺建筑依山就势，布局三进七院。三座山门均座南面北，佛门殿宇，翘脊飞檐，气势恢弘，庄严肃穆。院内以三座牌坊式的大门为区划，组成东、中、西三个大院。西牌坊门前有两株千年古槐，树围达9.7米，树高25米。院内砖砌勾栏围护着两株南北欹侧的千年古柏，其中一株黛色霜皮，枯干如劈、分叉中寄生着一株径围108公分的黑蛋树，观者无不称奇。生长在西院西北角斜插房脊而上的一株树是天水稀有之树种，名卫矛，别名鬼箭羽，落叶灌木或乔木。江南一带多为灌木，高3米，叶对生，倒卵状椭圆形，秋叶紫红。初夏开花，花淡绿色。葫果瓣裂，有角棱或翅。种子橙红色假种皮，可入药。此树生长在南郭寺得天独厚的自然条件下，高达15米，树围1．9米，树龄已达300余年，成长为高大乔木。
东院观音殿前有一小亭，内有水井，清澈见底，水味甘美，四时不竭，古名为“北流泉”。寺内还有清初诗人宋琬集二王书法所勒杜工部秦州杂诗石碑，“邓宝珊将军纪念亭”建立在寺旁花木丛中。
唐代诗人杜甫于乾元二年（759年）流寓秦州时曾游此寺，写下了“山头南郭寺，水号北流泉。老树空庭得，清渠一邑传。秋花危石底，晚景卧钟边。免仰悲身世，溪风为飒然”的名诗。相传寺院内那株寄生着黑蛋树的千年古柏就是杜甫“老树空庭得”句中的“老树”。为了纪念他，1904年重修时将原东禅林院改为“杜少陵祠”。
