垦利县第二中学创建于 1958 年，初名孤岛中学，驻永安清真寺。 1960 年迁址友林（现黄河口镇政府驻地）。同年，垦利县恢复建制，孤岛中学改名为垦利第一中学。 1965 年秋，高中部随县机关迁双河，初中部留驻原址，正式更名为垦利第二中学。 1971 年招收两个高中班，始为完全中学。 1978 年 2 月，惠民行署确定垦利二中为地属重点中学。
2001 年 9 月，为整合优化教育资源，经县委、县政府研究决定，垦利二中高中部迁至县城并与垦利职教中心合并，挂两块牌子（垦利二中、职教中心），一个班子、一支队伍，遂成为一所集普通高中教育、中等职业教育、成人教育为一体的综合性学校。
目前，学校占地面积 67400 平方米，总建筑面积 38285 平方米，在职教职工 232 人，其中专任教师 180 人。 52 个教学班，在校生 3400 多人。除普文、普理以及音体美特长班外，专业班开设有机电、计算机、商贸、财会、餐旅、种植，建筑、化工、高护等共计 9 个专业。
学校始终坚持 “ 以人为本 ” 的办学理念，遵循 “ 先成人，再成才 ” 的教育思路，无论是教学管理还是教学质量都有了长足的进步和发展。实现了科学化、规范化管理，多次受到上级有关部门的表彰，被授予 “ 山东省依法治校示范校 ” 、 “ 山东省庭园绿化先进单位 ” 、 “ 东营市规范化学校 ” 、 “ 东营市教育教学质量优胜学校 ” 、 “ 东营市文明单位 ” 等荣誉称号。