曲阜师范大学数学科学学院原名数学系，始建于1955年，1956年设置数学本科专业。1985年在运筹学研究室的基础上成立了全国高校第一个运筹学研究所，1987年在自控研究室的基础上成立了自动化研究所。1992年新增了计算机科学教育专业，1994年更名为数学与计算机科学系，2001年又分为数学系和计算机科学系，2002年成立了数学科学学院。
数学科学学院分曲阜校区和日照校区两校区办学，现有数学与应用数学、信息与计算科学、统计学三个本科专业，拥有数学研究所与概率统计研究所。现有应用数学博士学位授权点、数学学科博士后科研流动站，拥有数学一级学科硕士学位授权点，其中包括基础数学、应用数学、概率论与数理统计、计算数学、运筹学与控制论硕士学位授权点，同时可招收课程教学论（数学）专业研究生、教育硕士专业研究生、高校教师专业硕士研究生和在职申请硕士学位研究生,现有在校生1968人。应用数学学科是山东省“九五”重点学科；基础数学学科1981年获得硕士学位授予权，是全国首批获得硕士学位授予权的学科之一，该学科是山东省“六五”、“七五”、“八五”重点学科，山东省“十五”强化建设重点学科（A级）（全省共5个 A级学科，数学学科仅此一个），在“十五”期间，该学科投入经费累计1000万元。应用数学学科与基础数学学科又被评为“十一五”山东省重点学科。应用数学学科拥有泰山学者岗位。数学与应用数学被评为首批省级品牌建设专业。
数学科学学院现有教职工92人,其中教授12人,副教授15人,讲师37人,博士32人,硕士62人,另外,还有返聘教师10人,外聘教授4人,特聘教授2人，其中国家级优秀教师2人，省级优秀教师5人，中国工业与应用数学会理事1人，山东省数学会理事3人，山东省专业技术拔尖人才2人，山东省高等学校重点学科带头人1人，山东省高等学校中青年学术骨干6人，山东省青年奖获得者5人，《美国数学评论》评论员5人。教学科研队伍的年龄、职称、学历结构合理，学术水平高，思想活跃，社会影响力强。
本、专科生教育培养方面成绩显著。在本科生培养方面，近五年来考取研究生占毕业生总人数均超过了50%，2000年和2001年考取研究生均占毕业生总人数的52%，2003年达到了63.4%，2004年考取研究生占毕业生总人数的51.3%。由于学院教学成绩突出，获国家级教学成果二等奖2项，省级教学成果一等奖2项，省级教学成果二等奖1项，本科毕业生一次就业率在95％以上。在专科生培养方面，近几年专升本均超过了60%。
在研究生培养方面，注重研究生科研能力的培养，1996年以来硕士生考取博士生的比率在40%以上，15人在校期间或毕业一年内在国内外一级刊物上发表论文30余篇。在山东省第一至第四届优秀硕士学位论文评选中，全省数学专业的所有获奖者均为学院培养的研究生。
学院科研成果显著，1997年以来共承担科研项目50余项，其中国家自然科学基金项目10项，“天元”基金项目5项，教育部科技重点项目一项，教育部高等学校博士学科点专项科研基金一项，教育部“资助优秀教师基金”1项，省自然科学基金20项，回国留学基金2项，获得国际学术界公认的权威学术信息机构ISI颁发的国际“经典引文奖”1项，获省部级二等奖2项，省部级三等奖10项，发表学术论文900余篇，其中被SCI、EI、ISTP索引100余篇。
五十年来学院共为国家培养硕士研究生500余名(其中含46名教育硕士)，本科生6000余名，专科生1600余名。其中相当一部分已成为全国一些高校和中学的领导、教学、科研骨干。学院是“山东省教书育人先进单位”，是“山东省教学管理先进单位”，是“校师德标兵先进集体”。院党总支是“山东省先进党总支”。
目前学院拥有建筑面积5970平方米的教学大楼一座，现代化的数学、信息、统计实验室4个, 多媒体教室5个。资料室拥有中外文图书5万余册，期刊185种。
