台湾大学医学院坐落於台北市中正区中山南路与仁爱路的交口，由於历经百年，故校舍建筑经多次改建与变迁。目前院区内，存有三个不同时期的建筑物，分别为日据时代的二号馆，药学馆及药理馆；二次大战後的药理实验室、联合教学馆、圆形教室以及男二与女六宿舍；最後为整建後的建筑物基础医学大楼及诊断治疗大楼等。不同时期的建筑各展现其不同的特色及风貌。
该院为配合科学医学的发展，除增建新置最新设备外，同时在维护古迹及发扬人文精神方面，亦不遗馀力。在保存整建二号馆的过程中，营造人文艺术气息，并期能达成医学人文教学的目标。二号馆於1999年12月4 日 更名为医学人文馆。
台湾大学医学院至今已走过百年历史。医学系是台湾医学教育史上最悠久的学系，其渊源可追溯至 1897 年日本人在台北病院设立医疗讲习所开始招生授课，第二年正式成立“台湾总督府医学校”。历经多次改名及扩大规模，於 1936 年正式成立台北帝国大学医学部。二次世界大战结束，台湾光复，政府於 1945 年 11 月 15 日 接收後，更名为“国立台湾大学医学院医科”。 1971 年始奉“教育部”命令，将医科更名为医学系。2000 年 12 月正式成立医学系办公室，负责医学系的系务、招生、学生事务及教学协调，强化对学生的照顾，并协助医学教育改革的持续推展。
在学术研究方面，医学院学术研究凭藉前辈的努力与耕耘，至今累积了丰硕的成果，并在台湾学术研究领域中占有一席之地，且於医学研究领域独占鰲头。
而为了更上层楼，及提升整个医学研究水准，该院於1996年配合校研发会正式成立研究发展室，整合并有效运用医学院、附设医院及公卫学院之研究环境；利用有限经费集中购置精密仪器、改进学术研究相关制度、依重点发展需要，成立跨领域、整合性之群体研究计画，并统筹办理医学校区学术研究相关之行政事务。
此外，在研究计画方面，该院学术研究计画经费主要来源为国科会、卫生署、政府相关机构及财团法人委托计画等。该院及附设医院则依循“仪器共用、资源共享、基础临床整合、协助新进同仁、详实追踪、奖励发表”之原则，编列相关研究经费，推动学术研究发展，成效卓著。
