同仁堂药店原名叫“同仁常乐家老铺”，开业于清朝康熙八年（1699年)。该店经营的中草药和丸、散、膏、丹等各种中成药，以选料真实、炮制讲究、药味齐全著称于世。
同仁堂药店的创办人姓乐，原籍浙江宁波府，最初，以摇串铃走街串巷行医、卖小药维持生活。清朝初年乐尊育时进了清宫的太医院，乐尊育的儿子乐梧岗在前门外大栅栏内开办了同仁堂药店。
同仁堂是个前店后作坊，自产自销的药店，作坊就设在离大栅栏不远的打靡厂迤南的新开路里。同仁堂由于经营有方，经过几十年的苦心经营，药店已初具规模。同仁堂的更大发展，在雍正年间从它为清宫御药房供应供奉开始。同仁堂最初供奉御药房的都是生药材，后来，由于同仁堂炮制的中成药，配方合理，质量好，疗效高，宫内御药房也令同仁堂派人进宫帮助制药。多少年来，同仁堂的中草药品种齐全、加工细、炮制的中成药疗效高，深受广大患者的称颂。其中的牛黄清心丸、再造丸、活络丹、女金丹、安宫牛黄丸、虎骨酒万为著名。这些中成药不仅行销全国各地，而且远销东南亚各国。
同一产的四百多种中成药配方，大部分都是经过多次试验，配方合理，剂量合适，疗效高。在进货方面，清代后期，北京有天汇、天成、隆盛、汇丰等四大药行。这四大药行都和同仁堂交买卖，而且都是先用货，后付款。同仁堂是药行中的大户，用货量大的四大药行都是尽先由同仁堂选用。大山参、鹿茸等去营口药店采购，麝香就去河南挑选。同仁堂在炮制方面，一贯遵循“炮制虽繁，必不敢省人工；品味虽贵，必不敢减物力。” 有些药燥气盛，存放的时间越久，燥气越少，药味就越纯，药效也就越高。如虎骨酒要在缸里存两年再卖，再造丸要密封好，存一年卖。这种作法，不仅积压成本，而且还要多占用设备及库房，小药铺没条件这样作，只能现制现卖，自然疗效无法与同仁堂比。
清朝末年，同仁堂乐家有所谓四大房，即：乐孟繁，乐仲繁，乐叔繁，乐季繁弟兄四人。1921年， 乐孟繁这房开了宏仁堂药店，乐仲繁这房开了颐龄堂药占，乐叔繁这房开了宏济堂药店，乐季繁这房开了达仁堂药房。解放后，同仁堂生产实行了机械化，中药提炼厂的建立。同仁堂在北京大学的帮助下，试制银翘解毒片、香莲片、黄连上清片、女金片成功。后来又相继制成舒肝片、藿香正气片、祛暑片等，有诗道：
“都门药铺属同仁，
丸散人人道逼真，
纵有岐黄难别味，
笑他若简述通神”
同仁堂与东南亚等十几个国家有贸易往来，同仁堂的丸散膏丹在海外深受患者欢迎。
