活性小肽除提取天然的肽成分外，先通常采用的制作方法有酸水解法，酶解法，微生物发酵法和氨基酸合成法。其中酸水解法由于产品品质难控制的影响一般不被采用，氨基酸合成法也由于制作成本高难于大规模化生产一般只用于人体保健生产，所以在工业化生产特别是饲料原料生产中通常采用酶解法和微生物发酵法，其工艺流程如下：大豆蛋白——接种菌种——发酵和酶解——低温干燥——粉碎——称重和包装两种工艺方法所生产产品的区别：活性微生物菌体直接参与生化代谢，作用于大分子大豆蛋白；活性微生物菌体的生化代谢可以修饰某些功能基团；活性微生物菌体可以合成、分泌小肽物质；微生物发酵法不同于酶法，酶法只是简单的切割肽键；通过微生物的代谢、发酵可以合成许多复杂的初级代谢产物和次级代谢产物，但酶法不能；发酵过程中有大量的菌体细胞生长繁殖，微生物菌体的细胞壁是由肽聚糖交联形成的多聚物，而肽聚糖是由N-乙酰葡糖胺和N-乙酰胞壁酸组成的二糖肽重复构成，胞壁酸是真细菌的一种特殊物质，在其他任何生物体均不存在，微生物菌体除具有营养作用，还对动物肌体的免疫功能具有刺激作用。
生产设备生物肽的生产设备主要有搅拌罐，发酵罐，低温烘干系统，微粉碎系统。
生产配方配方1（含30%生物活性小肽，粗蛋白48-50%）
配比：优质豆粕1000公斤、菌种5-10公斤、营养培养基20公斤、水350-400公斤（夏天350公斤，冬天400公斤）。如果每吨发酵原料添加100克纳豆菌种效果更优。
注意：本方法也用于发酵菜粕、棉粕脱毒代替豆粕。
（二）生物肽配方2（含70%生物活性小肽，粗蛋白50-55%）
配比：优质豆粕1000公斤、营养培养基40公斤、水剂复合菌种Ⅰ组30公斤、水剂复合菌种Ⅱ组60公斤、水250-300公斤（夏天250公斤，冬天300公斤）。如果每吨发酵原料添加100克纳豆菌种效果更优。
注意：1、本产品在水产饲料中可以等量代替50%鱼粉，猪鸡饲料中全部代替鱼粉；2、本产品可以添加其它产品乳糖等制成代乳粉全部代替乳猪饲料中添加的乳清粉。
（三）生物肽配方3（含80-100%生物活性小肽，粗蛋白55-60%）
因为生产成本较高，工艺较复杂，一般用于兽药厂制作抗菌生物肽产品。
