主线剧情TV
001 云霄飞车杀人事件 (黑衣组织—琴酒、伏特加出场，工藤新一喝下APTX4869变小。大幕拉开)
002 董事长千金诱拐事件(阿笠博士知道其身份，工藤新一化名为江户川柯南）
005 新干线大爆破事件（漫画中柯南首次得知琴酒与伏特加的代号，但这集在动画中被修改了，Gin和伏特加被改成了两个长相相似的人）
013 奇怪的寻亲杀人事件（宫野明美出场。本集在动画中被修改过，内容与漫画有着很大不同）
043江户川柯南诱拐事件(父母知道变小)
048~049外交官杀人事件(服部平次登场，工藤新一第一次恢复)
054 电玩公司杀人事件 (龙舌兰出现，被炸死)
057~058福尔摩斯迷杀人事件(平次知道身份)
128 黑暗组织10亿抢劫事件 （宫野明美死亡，黑暗组织浮出水面）
129 来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件 (灰原哀出场）
131 竞技场无差别胁迫事件(后篇)(灰原说出了工藤新一与组织在半个世纪前就有了关系)
176 与黑暗组织的再会（灰原篇）(皮斯克出场)
177 与黑暗组织的再会（柯南篇） （宫野志保第一次恢复）
178 与黑暗组织的再会（解决篇） （皮斯克被琴酒灭口，贝尔摩德出场）
188 性命交关的复活-洞窟内的侦探团
189 危命的复活_负伤的名侦探
190 危命的复活_第三种选择 （工藤新一第二次恢复）
191 危命的复活_黑衣骑士
192 危命的复活_新一回来了
193 危命的复活_约定的场所
226 格斗游戏的陷阱（上集） （茱蒂出场）
227 格斗游戏的陷阱（下集）
230 谜一样的乘客（上集） （赤井秀一出场，形势复杂）
231 谜一样的乘客（下集）
242元太的灾难（提到GIN是左撇子)
258 来自芝加哥的男子（上集） （詹姆斯出场）
259 来自芝加哥的男子（下集）
269 犯罪的遗物 （上集） （毛利小五郎的卷宗被盗，目标直指柯南）
270 犯罪的遗物 （下集）
271 急忙掩饰的忽略（上集） （灰原被怀疑，形势危急）
272 急忙掩饰的忽略（下集）
277 英语教师VS西部名侦探（上集） （柯南叫博士调查克里斯·宾亚德）
278 英语教师VS西部名侦探（下集）
279 迷宫的阴暗（上集）（发现克里斯就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。）
280 迷宫的阴暗（下集）
286 工藤新一纽约事件（事件篇）
287 工藤新一纽约事件（推理篇）
288 工藤新一纽约事件（解决篇）（贝尔摩德扮成杀人魔登场，赤井秀一对其进行追踪）
307 无声的证据（前篇）（再次抓住黑暗组织的尾巴）
308 无声的证据（后篇）（下一集的引子）
309 与黑暗组织的接触（交涉篇）
310 与黑暗组织的接触（追踪篇）
311 与黑暗组织的接触（决死篇）（柯南得知组织在雇佣电脑工程师编写一个神秘的系统软件）
329金钱买不到的友情（上集）（本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。是阿笠博士的旧识。)
330金钱买不到的友情（下集）
335 东京现影所的秘密（前篇） （灰原被跟踪，山雨欲来）
336 东京现影所的秘密（后篇）
338 四辆保时捷（前篇）
339 四辆保时捷（后篇）（茱蒂、赤井发现灰原与黑衣组织有联系）
340 厕所里隐藏的秘密（前篇）
341 厕所里隐藏的秘密（后篇）（灰原在厕所中找到了妈妈留下的录音留言）
343 便利店的陷阱（前篇）
344 便利店的陷阱（后篇）（小兰发现茱蒂老师公寓墙后的照片，引起对朱蒂身份的怀疑）
345 直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件 （茱蒂、赤井、詹姆斯身份曝光。卡尔瓦多斯出场，被赤井打断腿后自杀，第一次对决暂告段落）
346 寻找P股上的印记（前篇） （为上一集善后）
347 寻找P股上的印记（后篇）
361 帝丹高中的学校怪谈（前篇）
362 帝丹高中的学校怪谈（后篇）（真正的新出医生回归）
374 星星和香烟的暗号（前篇）（开头柯南想起沉默的航线中凶手在警局本想要给鸟取县的朋友打电话，但最终没有打，怀疑是否和组织有关）
375 星星和香烟的暗号（后篇）（结尾处柯南听到山村警官给鸟取县的奶奶拨号的按键声很震惊，其实是和贝尔摩德输boss手机号码时的按键声很相似，推测boss在鸟取县）
385 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(前奏曲)
386 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(间奏曲)
387 斯特拉迪瓦里小提琴的不和谐音(尾奏曲) (boss的手机号被发现，斗争新动向）
425 被组织的魔掌触碰的瞬间 （水无怜奈、基安蒂、科恩出场，烽烟再起）
429 无法回到从前的两人(前篇) （本堂瑛佑出场）
430 无法回到从前的两人(后篇)
462 黑暗组织的影子 年幼的目击者 （本堂瑛佑行事诡异，引起柯南注意）
463 黑暗组织的影子 奇妙的照明
464 黑暗组织的影子 谜样的高额报酬
465 黑暗组织的影子 珍珠的流星
484 黑色照片的去向（前篇）
485 黑色照片的去向（后篇）
491 红与黑的碰撞 开始 （最精彩的一个系列，不可不看）
492 红与黑的碰撞 血缘
493 红与黑的碰撞 绝叫
494 红与黑的碰撞 冥土
495 红与黑的碰撞 昏睡
496 红与黑的碰撞 侵入
497 红与黑的碰撞 觉醒
498 红与黑的碰撞 搅乱
499 红与黑的碰撞 伪装
500 红与黑的碰撞 遗言
501 红与黑的碰撞 嫌疑
502 红与黑的碰撞 洁白
503 红与黑的碰撞 决死
504 红与黑的碰撞 殉职 （第二次对决，赤井秀一疑似牺牲，水无怜奈CIA身份遭到组织怀疑）
507 卡拉OK包房的死角（前篇)
508 卡拉OK包房的死角（后篇）（本堂瑛佑知道柯南是工藤新一，柯南在得知FBI有人死了之后想：没问题。这也成为赤井秀一没有死的疑似证据之一）
509 红白黄色与侦探团（水无怜奈传递信息，组织派出一名代号为波本的成员专门调查sherry。冲矢昴出场，灰原哀察觉出异样）
510 柯南VS W暗号之谜
511 推理对决！新一VS冲矢昴
542 让鱼儿消失的一角岩(前篇)
543 让鱼儿消失的一角岩(后篇)（冲矢昴的言语直逼灰原）
563 侦探团VS强盗团(骚乱)（疑似赤井秀一的人登场)
564 侦探团VS强盗团(沉默)
578 召唤危机的红色预兆
579 黑与13的暗示
580 紧迫黑色的时限（水无怜奈被gin怀疑没有杀掉赤井秀一，准备杀掉水无，并对赤井秀一进行狙击。但事实上是波本假扮的赤井秀一，从贝尔摩得口中得知boss的命令后，波本与gin两人发生分歧）
值得一提的是，005在漫画版中与TV版中不同。漫画版中那两个人就是琴酒和伏特加，柯南偷听了他们的对话而得知他们的代号。然而TV版却改成了两个长相相似的人，后来动画版054中柯南又莫名其妙地知道了琴酒和伏特加的代号。这成了柯南TV版剧情的一个漏洞，但已经没法弥补了。而且在漫画的“奇怪的寻亲杀人事件”中，宫野明美是与琴酒和伏特加接头的，接着被杀害，而动画版改成了被警察逮捕。这段剧情像极了动画版128集，可以说128集是一个补丁，但这个补丁打得并有遗漏的地方：在第13集小兰和毛利大叔明明是认识宫野明美（即广田雅美）的，但是到了第128集却变成了只有柯南认识广田雅美，而小五郎和小兰完全跟没见过广田雅美一样。漫画01/01 001 现代的福尔摩斯
01/02 002 变成小孩子的名侦探
12/04 114 突如其来的遭遇
12/05 115 炸弹的下落
12/06 116 柯南失算了
18/06 176 转学生
18/07 177 黑衣女郎
18/08 178 秘密组织成员·
18/09 179 伪装的少女
18/10 180 将死
19/01 181 为什么？
19/09 189 被狙击的球！
19/10 190 5万6千名人质
20/01 191 远方之眼
24/07 238 背叛的街角
24/08 239 漆黑的丧葬行列
24/09 240 不告而别
24/10 241 来自过去的子弹
24/11 242 白色世界
29/03 287 看不见的恐怖
29/04 288 危险讯号
29/05 289 光天化日下的埋
34/11 350 金苹果（1）
35/01 351 金苹果（2）
35/02 352 金苹果（3）
35/03 353 金苹果（4）
35/04 354 金苹果（5）
37/05 377 黑暗的足迹（1）
37/06 378 黑暗的足迹（2）
37/07 379 黑暗的足迹（3）
37/08 380 白雪…黑影…
37/09 381 危险的相遇
37/10 382 顺风车
38/01 383 新兵器！
41/10 423 到访者留下的谜
41/11 424 小小密室的秘密
42/01 425 隐藏的真相
42/05 429 月圆之夜和黑宴
42/06 430 染血的幽灵船
42/07 431 隐形人出现
42/08 432 工藤新一登场
42/09 433 面具下的真相
42/10 434 腐坏的苹果
48/09 499 门铃怪客
48/10 500 新的黑衣组织成员
49/01 501 追踪目标
49/02 502 新的指令
49/03 503 黑衣组织vsFBI
49/04 504 黑衣组织vsFBI
53/07 550 目击者一人
53/08 551 钉子与蛇
53/09 552 锤子的真面目
53/10 553 不可思议的兼职
54/01 554 晚餐的菜单
54/02 555 梦中之星
FILE.595 乌鸦之歌
FILE.596 第二条线
FILE.597 假患者
VOL.58
FILE.598 跟踪，然后……
FILE.599 赤井的过去
FILE.600 孤注一掷
FILE.601 伪装
FILE.602 最终手段
FILE.603 任务
FILE.604 姐弟
FILE.605 意外的嫌疑人
FILE.606 13日又是星期五
FILE.607 卡迈尔的过去
FILE.608 魔法的咒语
VOL.59 FILE.609 钢楔
FILE.622 红白黄色
FILE.623 黑白人
FILE.624 新邻居
FILE.635 燃烧
FILE.637 噼里啪啦
FILE.638 纸飞机
FILE.639 信息
FILE.640 解救
FILE.664 一角岩
FILE.665 鲭鱼?鲤鱼?鲷鱼?鲆鱼
FILE.666 杀气
FILE.677 命运之人
FILE.678 陷阱
FILE.679 摇摆的心
FILE.680 与危险的二人同行
FILE.691 柯南VS侦探团
FILE.700 危险地带
FILE.701 赤与13的暗示
FILE.702 炸弹犯的目的
FILE.703 暴风雪中的真相
FILE.704 寂静的战争
内容简介注：按时间顺序，并非剧集顺序
身为女明星的莎朗和工藤有希子一起向魔术师黑羽盗一（即怪盗基德的父亲，第一任怪盗）学习易容术，两人因此相识。
黑羽盗一因作为怪盗基德时企图寻找命运之石潘多拉（可使人长生不老）被同样在寻找这个宝石的某黑衣组织射杀，生死未卜。黑羽快斗继承了怪盗基德的身份。（在《魔术快斗》中有介绍，但是否与《名侦探柯南》中的黑组织相同73没有给出明确答复）
宫野厚司与宫野·爱雷纳（Irene）结婚，进入黑组织，参与进APTX4869的研究。后生下宫野明美与宫野志保，后疑似被杀。志保到美国留学，之后回到日本继续APTX4869的研究。
真实身份为黑衣组织杀手的莎朗杀害了一直在调查组织的FBI探员，即朱蒂的父亲，并放火烧了朱蒂的家以毁尸灭迹，只有年幼的朱蒂幸免遇难，并被她父亲的同事以“证人保护计划”保护起来。
（莎朗对小朱蒂说的"A secret makes a woman woman”（秘密会使人有女人味）令她印象深刻）。
新一和兰到纽约游玩，有希子招待他们看百老会的歌剧“黄金苹果”，在剧院门口两人遇见并认识了莎朗，但是在歌剧开演前莎朗借口有事先行离开。歌剧中发生谋杀案，新一协助破案后，有希子留下录口供，让两人先乘taxi回酒店。路上两人为找莎朗给兰的手帕而下车，兰先是遇见了正在追捕银发杀人魔的赤井秀一，后又在废仓库遇见正在逃亡中的受伤的银发杀人魔。银发杀人魔在想将两人灭口时因栏杆断裂而从高处掉落，被兰和新一所救，事后银发杀人魔被发现自杀，但是可疑的是现场所有的痕迹都被抹去。 （286工藤新一纽约事件银发杀人魔为贝尔摩德假扮 毛利兰初见赤井秀一）
莎朗假造了自己的死亡，并以自己的女儿克里丝的身份继续生活下去，在组织里代号是”贝尔摩德”（Vermouth即苦艾酒）。
龙舌兰找到了板仓卓，命令他开发一种系统软件。遭到了板仓卓的拒绝。黑衣组织拼命骚扰板仓卓，最后迫使他就范。
新一被黑衣组织攻击，并被琴酒强行灌药而变成了柯南。
漫画版的新干线爆破事件中柯南得知了琴酒和伏特加的代号。
漫画版中的奇怪的寻亲杀人事件中宫野明美被琴酒杀害，但动画版改成了被警察逮捕。
电玩公司杀人事件柯南偶遇黑暗组织的成员龙舌兰，但是他被炸死。
黑暗组织10亿抢劫事件哀的姐姐宫野明美被杀害。
来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件哀也变小并逃离组织寄住阿笠博士家。
与黑暗组织的再会柯南和灰原在放学回家的路上，竟然发现了Gin的保时捷车，于是对其进行跟踪，却因Gin发现了车上装的跟踪器而不得不放弃。但是柯南依然打听到了黑暗组织准备在杯户饭店由组织代号为“Pisco”的成员进行暗杀活动。救人心切的柯南赶到杯户饭店，却无法阻止凶杀事件的发生。更为糟糕的是，Gin已将Sherry在跟踪自己的事通知了Pisco，并告诉他Sherry必然也会去杯户饭店。老奸巨猾的Pisco在暗杀得手后偶尔见到灰原，竟认出了她就是Sherry，于是乘她和柯南走散之际将之用麻药迷昏后藏在饭店的一个酒窖里，自己却被警察留下和其他嫌疑人一起接受盘问。柯南在和灰原取得联系后，让她试着喝下白干酒。于是灰原也如同柯南预料的一般变回了成人体形，并因此得以从壁炉的烟囱逃至饭店顶楼。不料Gin和Vodka早已在顶楼守株待兔了。在Gin的拷问下灰原拒不说出离开组织后的行动，身中数枪。这时柯南赶到，用麻醉枪击中了Gin，同时灰原用尽了全身力气再次由烟囱逃回酒窖，此时白干效力已过，灰原身体再次缩小。既而Pisco终于露出他的真实面目，在他准备处决灰原时，柯南再次赶到上演英雄救美，而Pisco则因为暗杀过程中出现了不可挽回的失误被Gin灭口。
（当时贝尔摩德也在现场，事后熄影并在日本定居下来。由于哀感觉当时有其他组织的成员在场，事后柯南开始怀疑她也是组织的一员）。
黑暗中的死角新出智明的父亲被其继母杀害，在柯南的协助下破案。（新出正式登场）
贝尔摩德制造车祸企图害死新出智明一家，并开始假冒新出智明的身份。另一方面，长大的朱蒂加入了FBI，追查贝尔摩德来到了日本，在察觉了贝尔摩德的企图后暗中救下新出智明，并且自己以帝丹高中英语老师的身份潜伏下来，以便于监视。
危命的复活柯南变回新一并化妆成黑衣骑士与兰见面，被化身成新出的贝尔摩德以及朱蒂老师现。
格斗游戏的陷阱朱蒂与柯南相识，并看见他借助园子破案（这是朱蒂的首次正式登场，显然她发现了柯南不简单，并且可能已经知道了内幕）。
神秘的乘客本集刚开始时琴酒和贝尔摩德的一段戏就表明了本集和主线有关。少年侦探团和博士一行在公车上遇到一起去美术馆的朱蒂和新出，这时哀感到车上有组织的成员变得非常害怕，后来公车被强盗劫持，虽然最后在众人的努力下强盗被抓，但是哀留在快爆炸的车上想一死了之，最后被柯南所救 （现在看来哀感觉到的组织成员就是贝尔摩德，而朱蒂与她在一起应该是为了监视其行踪，好在在柯南的掩护下无论是朱蒂或是贝尔摩德都没有发现到哀。同时，本集也是赤井秀一的第一次正式登场，在最后他的报告表明他正在监视什么人，应该是协助朱蒂监视贝尔摩德）。
柯南等人认识了来自芝加哥的老人“詹姆士·布莱克”，后来他被误认为是某名人而遭绑架，后在柯南的协助下被救，并被赤井接走。同时詹姆士也发现柯南的不一般。
犯罪的纪念品事件（目暮提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。偷案卷的是贝尔摩德，主要目的是了解与新出相关的那个案件（可惜仍然遗漏了细节），将相关案卷都偷走就是为了误导FBI她的目标和毛利有关，在故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利）。
方块三角事件，柯南又一次在朱蒂面前破案（这一集有几点值得注意：一是朱蒂在谈话中暗示柯南其身份已经暴露，并且提到了FBI。二是在案件中兰回想起自己曾经见到过”带黑色针织帽的男子”（赤井秀一）；最后就是在故事结尾贝尔摩德发邮件给GIN，提到了雪莉酒，并且向打了叉的宫野志保（哀）的照片发飞镖，旁边还有柯南和兰的照片）。
西部名侦探vs英语老师案卷的丢失让柯南很不安，他基本肯定了克里丝是组织的成员，并进一步怀疑朱蒂=克里丝，刚巧赶来的服部对此很感兴趣，于是鼓动柯南去朱蒂的公寓试探，在双方接触过程中发生命案，案子虽然解决，但是对朱蒂的试探未果。（这一集的重点就是在最后朱蒂的浴室的镜子后面出现的柯南和兰的照片，并且照片上的字迹和贝尔摩德的一模一样，按照后来的说法，这是朱蒂曾潜入新出（即贝尔摩德）的房间，发现相关的照片后复制的，同时朱蒂也借此知道了贝尔摩德的目标是哀。另外柯南最后说的除朱蒂外的另两个可疑人物应该是赤井和新出）。
无声的证据小五郎受托寻找失踪的电脑工程师板仓卓，从委托人的谈话中柯南了解到他就是当年在电玩公司杀人事件中被炸死的组织成员tequila(即龙舌兰)接触的对象。最后通过追查案件，柯南获得了组织的线索--板仓的日记（案子的最后柯南和兰遇到了赤井秀一，提到了宫野明美）另外借此，柯南也了解到了当年兰和赤井相遇。
柯南通过板仓的日记了解到了黑暗组织的行踪，并试图冒充板仓与伏特加接头，但是被Gin识破而失败（最后柯南和哀离开，时“恰巧”被赤井看到，好像哀也对此有所感觉。另外板仓的日记中提到黑暗组织的庞大计划甚至影响到人类的前途，）。
金钱买不到的友情（阿笠博士提到哀的父亲宫野厚司是一个很有名的疯狂科学家，而母亲艾瑞娜是一个英国留学生，并且黑暗组织可能正在从事让死人复活的计划）。
黑暗中的圈套少年侦探团遇到杀人事件，柯南协助解决。其中值得注意的是在故事的整个过程中柯南和哀都感觉到自己被人跟踪，不过跟踪者最后被迫放弃 （最后赤井秀一的出场，表明跟踪他们的人是FBI，由于哀与照片中的人物相似，因此FBI猜测她就是贝尔摩德的目标。另外最后赤井对着哀的照片说了一句“真是太像了”暗示他和哀以前就曾相识，奇怪的是朱蒂和赤井好像不常联系，也不是经常互通信息）。
四辆保时捷哀得了感冒发烧，博士和柯南送他去医院，但在停车场遇到命案而被阻，后来又遇到购物中的兰、园子和朱蒂，发现他们行踪的赤井秀一也跟踪而至，最后柯南解决了案件，但是博士却借朱蒂的车将哀送回了家，并找来新出医生给哀看病。故事的最后出现了贝尔摩德将哀的照片烧毁，并说“准备好了吗？我发现了，我去找你了”的画面 （这下哀可算是彻底暴露了，贝尔摩德和FBI双方都知道了她的住址，贝尔摩德还在博士家安了窃听器）。
厕所里隐藏的秘密博士带柯南和哀去访问哀的父亲生前的好友，设计师出岛壮平，试图了解更多关于哀的父亲的事。当然在设计所免不了又发生命案，柯南在破案的同时，也找到了由哀的姐姐设法藏在设计所的，哀的母亲留给哀的录音带。（哀的母亲在留给哀的19岁的录音中应该提到了某件惊人的事情，不过出于青山爱卖关子的癖好，我们对此仍一无所知。另外在故事的最后，贝尔摩德打电话找组织成员”卡尔多瓦斯”（即苹果酒）来帮忙，正策划着某项行动）。
便利店的陷阱朱蒂辞去了帝丹高中的老师的职务（显然是也将有所行动），不过在兰和园子到朱蒂家中开Party时，兰意外发现了镜子背后的照片，觉得十分可疑，于是后来在满月之夜双重谜案的时候偷偷钻进朱蒂老师车子的后备箱，并在最后关头救了哀。另一方面，贝尔摩德不向兰开枪并叫她angle，显然她不想伤害兰，很多人认为是当时她变装银发杀人魔时新一和兰救了她的缘故。
直面黑色组织的对决!满月之夜的二元神秘事件贝尔摩德策划了幽灵船活动（第345集），邀请了小五郎、新一和Gin，试图调开柯南而刺杀哀；朱蒂了解到了这个计划，抢先一步接走哀并试图将贝尔摩德引入陷阱，但是贝尔摩德已经知道了这个陷阱，并将计就计作了安排；另一方面，柯南邀请服部化妆成自己赴会，而自己在母亲有希子的帮助下化妆成哀试图和黑衣组织接触；但是哀不放心柯南去，而偷了柯南的跟踪眼镜跟踪前往；最后，兰因为想了解朱蒂的真正身份，躲在了朱蒂的汽车的后备箱里……真是错综复杂。最后贝尔摩德还是逃脱了赤井的追捕，也又一次放过了柯南，并且向Gin隐瞒了柯南和哀的事，而朱蒂设法瞒过了兰，兰仍然一无所知。（柯南听到了贝尔摩德给boss发邮件时的按键声，即后来查出的“七个孩子”的曲子）。
柯南等人去一钢琴世家，知道了那天听到的按键声就是七个孩子的曲子。
（第425集）小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。 小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈实际是黑色组织同党一事。 随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。遭到FBI与柯南的阻止，水无怜奈受伤，昏迷不醒。
贝尔摩德去水无怜奈出事目击者家，得到柯南注意。
小兰的新同班同学本堂瑛佑总给柯南不好的感觉，四处寻找自己的姐姐本堂瑛海，本堂瑛海与水无怜奈长相一摸一样，但是血型不对。黑暗组织四处寻找水无怜奈，得到FBI帮助的水无怜奈假装昏迷不醒，被本堂瑛佑袭击后不得不说出真实身份，原来水无怜奈为CIA的卧底，水无怜奈答应赤井秀一重新返回组织，但是接到的第一个任务就是杀死赤井秀一。赤井秀一疑似牺牲。
水无怜奈向茱蒂透漏情报，组织派出了一个厉害的侦探波本。工藤新一的房子里搬来新房客，名为冲矢昴。据灰原哀反应来看此人来头不小。他到底是组织的卧底波本还是重生的赤井秀一？
银行抢劫案疑似赤井秀一的人出现。右眼有着明显的被火烧伤的伤疤。在最后此人捡起了抢劫犯的手枪，在柯南被抢劫犯劫持的紧张时刻，开枪救了柯南。根据漫画所画，此人为右撇子。
昙花一现后又给在商场的朱蒂老师留下“这里很危险，快逃”的字条。此时冲矢昂也在商场，昂首次见到了伤疤男。而伤疤男将在商场发生的案件的推理用别人的手机发给了毛利小五郎。琴以及基蒂安等人欲检验赤井秀一是否生还，并以此来证实基尔是否是卧底，却被柯南巧妙地引开。与此同时昂也在寻找伤疤男，而伤疤男却在被瞄准时对着瞄准镜露出诡异的笑容。这又是怎么回事？
有关基德怪盗基德是名侦探柯南中主角之一。他的对手是《魔术快斗》中的神秘组织。神秘组织的目标是名为潘多拉的宝石以求长生，但不确定是否与黑衣组织相同。
TV076《柯南对怪盗基德》
132《魔术爱好者杀人事件（事件篇）》
133《魔术爱好者杀人事件（疑惑篇）》
134《魔术爱好者杀人事件（解决篇)）》
219《名侦探大集合 工藤新一VS怪盗基德》
356《怪盗基德之奇异的空中步行》
394《奇异屋宇的大冒险（封印篇）》
395《奇异屋宇的大冒险（机关篇）》
396《奇异屋宇的大冒险（解决篇) 》
469《基德与四幅名画（前篇) 》
470《基德与四幅名画（后篇) 》
472《工藤新一少年时的冒险（前篇)》
473《工藤新一少年时的冒险（后篇) 》
515《怪盗基德的瞬间移动魔术》
537 《怪盗基德VS最强金库（前篇）》
538 《怪盗基德VS最强金库（后篇）》未拍成动画的漫画FILE.712 青龙
FILE.713 朱雀
FILE.714 白虎
FILE.715 玄武
FILE.731 龙马
FILE.732 突破
FILE.733 洗刷电影3《世纪末的魔术师》
8《银翼的魔术师》
10《侦探们的镇魂歌》
14《天空中的难破船》OVA1 柯南VS基德VS阿剑!宝刀争夺大作战
4 柯南和基德和水晶之母
6 追踪消失的钻石 柯南平次vs基德
10 怪盗基德孤岛决战魔术快斗01 复活的怪盗
有关新一新一多次被他人回忆和提及，以下仅收录关于新一的重要事件。TV001 云霄飞车杀人事件
049 外交官杀人事件(后篇)
162 飞机空中密室！工藤新一的首次的办案
190 生死一瞬间（危险的复活） 第三种选择
191 生死一瞬间（危险的复活）黑衣骑士
192 生死一瞬间（危险的复活） 新一回来了
193 生死一瞬间（危险的复活） 约定的场所
219 被召集的名侦探 工藤新一 VS 怪盗基德
286 工藤新一纽约事件(事件篇)
287 工藤新一纽约事件(推理篇)
288 工藤新一纽约事件(解决篇)
400 心存疑惑的兰
472 少年工藤新一的冒险（前篇）（少年）
473 少年工藤新一的冒险（后篇）（少年）
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决★（中学）
521 杀人犯 工藤新一★
522 新一的真正身份和兰的眼泪★
523 真正想问的事
524 令人憎恨的蓝色火花（前篇）（最前面一部分，交代上一集的结果）电影迷宫的十字路口特辑飞上天空的十颗行星OVA01－柯南vs基德vs铁剑
09—十年后的陌生人特典M12工藤新一 迷之墙和黑色拉布犬事件
恋爱物语恋爱物语是柯南的支线。主要涉及高木警官和佐藤警官的爱情。
146-147本厅刑事的恋爱物语
柯南等人被牵扯的案件，佐藤和高木邀请柯南等人录口供，命案却在警察眼皮底下发生了！佐藤心底到底是喜欢白鸟还是更爱高木？案件的真相是否就是恋爱的真相？
156-157本厅刑事恋爱物语2
佐藤一厢情愿相信犯人，却就此身处危机，高木手上握着佐藤的生命，他能否找到真相和佐藤如约相聚？
205-206本厅刑事的恋爱物语3
佐藤想起了爸爸殉职那天的情景，发誓必将在法律追诉期前抓到那名犯人。高木意外知道真相，却因此被陷入犯火犯设下的迷局。在高木生死未卜时，佐藤能否抓住陷害爸爸的犯人，又能否挽回心爱之人的生命？
253-254本厅刑事恋爱物语4
佐藤随脚挑出的相亲对象居然是白鸟警官，佐藤在焦急等待迟迟未现高木时候，高木却卷入了一起怪异事件，不同证人的不同证词，三个形态各异的人都不符合证人的证词。在千钧一发之际，工藤新一出现了........
358-359本厅刑事的恋爱物语5
高木和佐藤在公园约会，却惹来了以白鸟警官为首的警察人员的强烈不满，在严密的监视下的约会，柯南等人的“捣蛋集团”又破坏了美好的约会，接下来的事件又夺走了高木送给佐藤的戒指？！高木，你要鼓起勇气夺回戒指！
390-391本厅刑事恋爱物语6
由美偷听到了高木会被派出支援外地，在白鸟的冷嘲热讽下，步美却意外看到了杀人案的嫌疑犯——千叶警官的室友？凶手玩的时间魔术，不在场证明的成功侦破，能不能挽留可爱的高木警官呢？
431-432本厅刑事的恋爱物语7
在联谊会上，柯南遇到了离奇的绑架事件！秘密就隐藏在寄回的信封里。高木佐藤又将再次携手！最后的时刻必会到来……
449 本厅刑事恋爱物语7——虚假的婚礼
警察接到了奇怪案件，应案件需要，高木和由美居然化妆成夫妻结婚？这点让高木很烦。隐藏在婚礼背后的，是怎样一个天大谎言？
487 本厅刑事恋爱物语8——左手的无名指
最近，在佐藤左手的无名指上，带着一枚戒指，这象征着什么秘密？就在高木心怀疑惑之时，命案发生了！关键就是死者手上的戒指，凶手创造的密室之中，到处都渲染着诡异。佐藤能否把手上的戒指的秘密告诉高木，借助这个秘密，他又能否揭开密室之谜？
特别篇特别篇是柯南TV版中较长的剧目。其长度远远超过了一般TV版的24分钟，内容十分精彩。
011 钢琴奏鸣曲《月光》杀人事件
听过贝多芬的《月光奏鸣曲》么？凶手用这钢琴曲的三个篇章，导演了三起杀人事件，当《月光奏鸣曲》响起时，又会有一件凶杀案，在犯罪现场留下的诡异乐谱，这一切预示着什么呢？
052 雾天狗传说杀人事件
传说天上的雾天狗会下凡吃人，雾天狗能够腾云驾雾。发生在寺院中的不可能犯罪真的只能说是雾天狗所为吗？其实，人也能狗像雾天狗一样飞起来......
076 柯南VS怪盗基德
神秘怪盗基德初次登场，迁来盗取铃木家的宝石，发生在轮船上的宝石争夺战，获胜方真的是怪盗基德吗？他又将使用什么神奇的魔法呢？
096 走投无路的名侦探 连续两大杀人事件
柯南连续侦破两起匪夷所思的命案，小兰知道柯南的真实身份就是新一了？新一的妈妈登场，神秘案件必将水落石出!
118 浪花连续杀人事件
连续发生的神秘案件，凶手都会把刀刺穿死者的钱包再插入心脏，为什么凶手多此一举？这些都说明了什么？死者又为何自投罗网？
129 来自黑衣组织的女子 大学教授杀人事件
来自黑衣组织的神秘女子——灰原哀。她真的是迁来刺杀柯南的吗？另一方面，记载着组织秘密的磁盘又将要鹿死谁手？
162 飞天密室 工藤新一最初的事件
工藤新一初出茅庐，成功侦破的第一起案件。案件发生在千米高空的飞机上，凶手使用迷魂换身法术，凶器为何消失无踪？
174 二十年的杀意 圣佛尼号连续杀人事件
在客轮上的每个人都和二十年前的事件有关，柯南借助凑巧的风看清了名字背后的真相！在法律追诉期满之前，柯南能发把强盗组织绳之以法？
184 诅咒的假面的冷笑
神秘的诅咒假面，居然在暗夜之中吸光罪恶人的鲜血，它们在黑暗中嘶哑咧嘴的冷笑着。诡异案件发生在一家豪华别墅，柯南能否看清密室杀人的关键之处？
208 迷宫的入口 巨大神像的愤怒
在女神像前面的瞬间移动法术，活生生的人居然可以凭空消失？这是为什么？柯南困惑地疑问。真相其实就近在咫尺！
219 被召集的名侦探！工藤新一VS怪盗基德
各路名侦探顶峰会聚，名侦探们展开的推理之战，而凶手却玩着血淋淋的杀人游戏，凶手和侦探双重身份，柯南能否战胜自己？解开谜团！
263 大阪双重谜团 浪花剑士和太阁之城
服部平次推理巨献。除了服部擅长的剑道之外，还牵扯到了日本悠久的历史！柯南性命危机，服部平次能否不负众望？！
304 震动警视厅 1200万名人质
和恋爱物语有异曲同工之妙。佐藤警官的初恋情人出现。对于佐藤警官，亲爱的人都将会离去。黑暗之手伸向高木警官，威胁警政厅的恶魔神出鬼没！柯南能否在三秒倒计时中找到答案！
342 豪斯登堡的新娘
新娘的结婚戒指神秘消失，柯南怀疑就是参加结婚仪式中的人偷的。就在此时，新娘居然也跟着神秘失踪了，隐藏在这一连串事件背后的真相是爱与恨的交织！
345 与黑衣组织直面对决 满月之夜的双重谜案
黑衣组织再度相会，解释了之前青山老师设下的迷局。新出医生的真实身份是？茱蒂老师是不是贝尔摩德？在鬼怪相聚的幽灵船上，真相必将如同满月的月光一样皎洁，照亮黑夜！
356 怪盗基德的惊异空中步行
怪盗基德居然在空中漫步？警察眼睁睁地看着他偷走海蓝之母！就在紧急关头，柯南找到了隐秘的线索，逮住怪盗基德忽略的关键！
383 甲子园的奇迹！绝不能输给看不见的恶魔
和叶和平次推理对决，平次赢得了参加甲子园的赌注。就在甲子园，一位看不见的恶魔却在虎视眈眈，如果甲子园棒球赛结束，看台一方就会大爆炸，柯南和平次能否在幻影之中破解暗号，抓住恶魔？
425 黑暗冲击！组织魔爪伸来的瞬间
毛利小五郎应偶像冲野洋子邀来调查其好友水无怜奈的怪异事件，柯南调查事件所安装窃听器却阴错阳差地追逐到了黑衣组织的行踪。茱蒂等FBI探员也相继出场，柯南能否阻止黑衣组织的暗杀计划？毛利小五郎是否会被黑衣组织所暗杀？
449 本厅刑事恋爱物语 虚假的婚礼
警察接到了奇怪案件，应案件需要，高木和由美居然化妆成夫妻结婚？这点让高木很烦。隐藏在婚礼背后的是怎样一个天大谎言？
452 金比罗剧院的怪人
在舞台上的话剧也能操控现实生活，神出鬼没的剧院怪人是否就是杀人凶手？现实话剧最后是否就是悲剧结局？同时在虚幻和现实中上演爱情悲剧.....
479 和服部平次在一起的3天
神秘房间出现诡异女人的尸体，就在刹那见，血淋的地板居然和尸体一随风飘散。听，风车转动的美妙旋律，就是揭开时空瞬移障眼法的关键所在！另一方面，东南西北的各路高中侦探齐聚花香四溢的薰衣草木屋，当花香从窗口飘出，密室之谜即将解开！
487 本厅刑事恋爱物语8左手的无名指
最近，在佐藤左手的无名指上，带着一枚戒指，这象征着什么秘密？就在高木心怀疑惑之时，命案发生了！关键就是死者手上的戒指，凶手创造的密室之中，到处都渲染着诡异。佐藤能否把手上的戒指的秘密告诉高木，借助这个秘密，他又能否揭开密室之谜？
488 电视台的恶魔
489 法庭的对决Ⅲ 目击者是检察官
被眼见景象冲昏头脑的九条检察官目击了坠楼事件，凶手是如何用丝线控制人体木偶的？是如何明目张胆的在检察官面见摆弄杀人魔术的？检察官与目击者的特殊身份参加法庭辩论，妃英理碰到的最棘手的案子！
490 服部平次vs工藤新一 滑雪场的推理对决
服部平次和工藤新一初次见面，推理对决就如此的娴熟激烈！在白雪纷飞的山顶缆车上，恐怖和血腥使人想起了美丽的雪山怪物——雪女，神秘案件的出现，是否就是传说中的雪女所为!
515 怪盗KID的瞬间移动魔术
516 风林火山 迷宫的铠甲武士
凶手运用古代兵法的风林火山的步伐杀人，表面上好像就是铠甲武士的诅咒一样。两个奇怪的对立家族的纷争中，慢慢显露了事件的蛛丝马迹！
521 杀人犯，工藤新一
服部柯南等人接到委托，来到一个奇怪的村子。村子里的人都痛恨工藤新一！原因是新一曾今侦破的案子中有漏洞。柯南突然消失，工藤新一失忆出现，这一切预示着什么？就在此时森林里的妖怪，却在引颈长啸。
522 新一的真实身份与兰的眼泪
工藤新一在彷徨之中居然杀了人？！服部等人似乎不相信，努力帮助工藤脱罪。但排开了一切不可能，剩下的不管多么不可能，那就是事实!兰对着窗外留下眼泪，服部睁开眼睛，不忍的说出：“凶手就是……你”
鲁邦三世 vs 名侦探柯南（特别合作篇）
其他精彩剧集018 六月新娘杀人事件（柯南首次利用园子进行推理）
026 小五郎同学会杀人事件 (上集）
027 小五郎同学会杀人事件（下集）（毛利大叔首次成功推理。以及柯南小兰和柯南一起泡温泉）
032 咖啡店杀人事件（妃英理初登场）
076 柯南vs怪盗基德（基德初登场！）
077 名门连续惨死事件（上集）
078 名门连续惨死事件（下集）（经典名言登场）
118 浪花连续杀人事件（和叶初次登场,和叶父亲初登场）
130 竞技场无差别胁迫事件（上集）
131 竞技场无差别胁迫事件（下集）（灰原哀一句“工藤，你一定不知道吧，早在半个世纪以前，你就已经在组织的计划中了”引起不少猜测）
136 蓝色古堡探索事件（前篇）
137 蓝色古堡探索事件（后篇）（超级恐怖）
153 园子的夏日海滩冒险物语（上集）（园子认识京极真）
154 园子的夏日海滩冒险物语（下集）
196 看不见的凶器.兰的初步推理
199嫌疑犯毛利小五郎（上集）
200 嫌疑犯毛利小五郎（下集）（妃英理为毛利首次解围）
212 蘑菇，熊与侦探队(上集）
213 蘑菇，熊与侦探队（下集）（光彦对灰原有一点点动心）
217目暮警官尘封的秘密(上集）
218 目暮警官尘封的秘密（下集）(目暮警官的艳史)
220 充满谎言的委托人(上集)（服部平次母亲初登场）
221 充满谎言的委托人（下集）
222 人鱼失踪记(事件篇)
223 人鱼失踪记(推理篇)
224 人鱼失踪记(解决篇)（平次和叶险些坠崖，超感人剧情）
225 生意兴隆的秘密(柯南的推理的重大失败)
238 大阪3K事件（上集）
239 大阪3K事件（下集）
246 陷入网中的谜团(前篇)
247 陷入网中的谜团(后篇)(兰哀和平）
323 服部平次走投无路！（前篇）
324 服部平次走投无路！（后篇）（平次和叶的感人剧情）
381 谁的推理秀（前篇）
382 谁的推理秀（后篇）
406 柯南和平次的推理魔术(操纵篇)
407 柯南和平次的推理魔术(公馆篇)
408 柯南和平次的推理魔术(解决篇)
418 米花町阁楼的房屋（新一父母扮成老头老太太回来看他……）
421 银杏色的初恋（前篇）
422 银杏色的初恋（后篇） (关于阿笠博士的初恋,很感人)
426 给兰的情书
445 俄罗斯蓝猫的秘密（妃英里的那只五郎猫）
457 园子的红手帕（前篇）
458 园子的红手帕（后篇） （园子和京极真的感人约定）
460 1年B班大作战！（小林老师精心策划的故事）
479 与服部平次共度的3天 （又是名侦探的汇集）
513 杀意源自咖啡之香（前篇）
514 杀意源自咖啡之香（后篇） （不可能犯罪）
516 风林火山 迷宫的铠甲武士
517 风林火山 阴与雷光的终结 （死了很多人的大长篇）
521 杀人犯、工藤新一(假新一出现）
522 新一的真实身份和兰的眼泪
523 真正想问的事
532 初恋的伤痕
533 呼唤过去的伤痕
534 新伤痕与吹口哨的男人
535 旧伤痕和刑警之魂（高木佐藤的第一次KISS）
536 消失名画的意义 （感人的情节）
547 与犯人共度的两天（第一天）
548 与犯人共度的两天（第二天）(神谷明最后一次为毛利小五郎配音)
554 鹳的探索之旅（搜索小兰篇）
555 鹳的探索之旅（追踪阳菜篇）
557 与危险的二人同行（紧张的情节）
558 死亡之馆、赤壁(三顾之礼)（用了多种计谋）
559 死亡之馆、赤壁(掌中之物)
560 死亡之馆、赤壁(孔明之死)
561 死亡之馆、赤壁(空城计）
568 白鸟警部 樱花的回忆（前篇)
569 白鸟警部 樱花的回忆（后篇）（一对新的CP诞生——白鸟警官&小林老师）
