根据古今图书集成记载，龙甲神章来源于四千六百多年前，轩辕黄帝大战蚩尤之时；当时我们的祖先黄帝和蚩尤在涿鹿展开一场前所未有的大战，蚩尤身高七尺，铁头铜身刀枪不入，而且会呼风唤雨；在战场上制造迷雾，使得黄帝的部队迷失方向。
有一天晚上，三更半夜大家都在睡觉的时候，忽然，轩辕丘上传来惊天动地的声音以及非常强烈的光芒，惊醒了黄帝及众人。
大家匆匆忙忙的起床，跑过去一看，原来是有一支彩虹自天空中缓缓下降，从中走出一位全身大放光明的仙女，仙女手上捧着一个长九寸阔八寸的玉匣，黄帝接过来打开一看，里面有一本天篆文册龙甲神章；黄帝根据书里面的记载，制造了指南车，终于打败了蚩尤。
龙甲神章除了记载兵器的打造方法之外，还记载了很多行军打仗遣兵调将的兵法。于是黄帝要他的宰相风后把龙甲神章演绎成兵法十三章，孤虚法十二章，奇门遁甲一千零八十局。
後来经过周朝姜太公，汉代黄石老人，再传给张良，张良把它精简之后变成现在我们看到的奇门遁甲。
