中国昆曲研究中心于2001年12月由苏州市人民政府和苏州大学联合创建，宗旨是充分发挥苏州作为昆曲艺术原生地在地域、人脉和文化资源等方面的优势，整合海内外学术力量，围绕中国昆曲作为人类非物质遗产代表作的保护弘扬这一宏大工程开展工作。
中心成立五年来，广泛联络同行学者和昆剧院团、昆唱曲社，积极发起或参与各类昆曲保护弘扬活动，编辑出版反映昆曲研究最新成果的学术刊物《中国昆曲论坛》，举办中国昆曲国际学术研讨会。中心的工作还包括收集整理昆曲历史资料，研究昆曲历史、现状与发展理论；整理、改编与创作昆曲剧目；培养昆曲编导与曲学研究人才，参与培训高层次昆剧表演人才；大力向高校以及中小学师生推介传播昆曲；建设“中国昆曲”网站，面向海内外宣传昆曲的历史文化价值；研究昆曲遗产保护弘扬的思路、策略、措施、方案，提供人大、政府作为立法和决策参考，等等。中心的各项工作得到国家文化部和省、市人民政府以及社会各界的认同支持，并在海内外学术界、文化界产生重大影响。2005年8月，中国昆曲研究中心经国家昆曲艺术抢救、保护和扶持领导小组确定为“国家昆曲遗产保护研究中心”并正式授牌。
现任中国昆曲研究中心主任为高福民（苏州市文广局局长），常务副主任为周秦（苏州大学教授、博导）。
