中西医结合系成立于1988年，原名现代医学部。现有中西医临床医学、临床医学（放疗方向）、医学影像学等3个专业。创办伊始，系部坚持社会主义办学方向，坚持以邓小平理论和江泽民“三个代表”和“科学发展观”和“构建和谐社会”思想为指导，在校党委的领导下，以培养德、智、体全面发展，具有创新精神、高尚医德、中西医结合的新型实用性医学人才，为海西经济区发展、福建医疗卫生事业做出贡献作为系部工作的总目标。到目前为止，系部现有教职工82人，其中教师57人（高职称占17人），硕士以上学历占52.63％，思政系列6人，教辅人员17人，专职行政管理人员2人。
经过近20年的发展，系部现设有9个教研室(另医学影像技术学教研室现暂挂靠人体解剖学教研室)，拥有病理生理研究中心、中西医结合基础综合实验室等教学科研机构。在学校领导的大力支持下，系部教职工团结协作，实验室和陈列室建设已经成为我系一大特色。目前已建成解剖、组胚、病理、生物4个标本陈列室和显微、解剖、机能、生化、西医诊断学等5个系列实验室和“中西医结合基础综合实验室”，以及国家中管局三级等级实验室――病理生理学研究室，研究室主任黄秀榕教授作为“病理学与病理生理学”学科带头人，享受国务院特殊津贴，承担多项国家中管局和省级科研项目，系部把“专管共用”和“集约化建设”作为实验系列建设和规范化管理的基本目标。
近年来，我系的发展规模不断壮大，随着学生数的增长，教师队伍人数也不断增加，尤其是青年教师占的比例越来越大。为此，在系部领导班子的带动下，全系教师发扬积极向上，拼搏进取精神，共同为系部的发展出谋划策；同时，系部领导重视青年教师的培养工作，通过多途径、多形式开展青年教师教学研讨，帮助青年教师树立先进的教育观念，解决教学、师生互动等方面存在的问题，发挥老教师的“传、帮、带”作用，使青 年教师不仅为系部的发展注入了新鲜血液，而且成为系部发展、建设的一支生力军。目前，系部教师团队的梯队建设日趋成熟，形成一支富有凝聚力、战斗力、团结奋发向上的年轻教师队伍。
二十一世纪是知识、信息经济时代，系部紧密围绕学校“十一五”发展规划，积极开展学科交流，由纵向向横向发展。2006年，我校与台湾元培科技大学签署合作办学协议，两校之间强强联合，充分利用元培科技大学优越的办学条件，雄厚的师资和丰富的教学经验，创办了医学影像学专业，填补了国内、省内关于医学影像学技术型人才培养和联合办学的空白，为弘扬中医药传统医学和文化，把我校建设成具有鲜明办学特色的现代外向型中医药大学作出我系的贡献。
