中南民族大学在建校初期即成立了教育学心理学教研室，1986年设置高等教育研究室，1988年高等教育研究室与教育学心理学教研室合并成立高等教育科学研究所，1989年成立教育管理系，2008年成立教育科学研究院。
1990年获得“教育管理”学科的硕士学位授予权，1997年研究生学科专业目录调整后更名为“教育经济与管理”。2003年获得“教育学原理”学科的硕士学位授予权。
1991年开始招收“教育管理”学科硕士学位研究生。2004年开始招收“教育学原理”学科的硕士学位研究生。2004年开始挂靠中央民族大学招收“中国少数民族教育”学科的博士研究生。目前作为我校“民族学”学科研究方向招收“民族教育的理论与实践”博士学位研究生。
教育科学研究院内设机构包括：民族教育研究所、教育管理研究所、教育经济研究所、教育心理研究所、高等教育研究所等。
1996年创办“民族高教研究”学术研究期刊，国家教委副主任何东昌同志为本刊题写了刊名。该刊的发行，为民族高等教育研究提供了一个学术阵地，并与国内500多所高等学校建立了定期交流关系。
目前该院实行专职研究人员与兼职研究人员相结合的管理体制。
教育经济与管理学科2003年被评为湖北省重点学科。2008年被评为湖北省特色学科。