南京军区福州总医院肿瘤科成立于1996年2月。目前现拥有两个病区，共150张展开床位。是东南沿海“三级甲等”医院中最大规模、以肿瘤内科为主的肿瘤专科。作为以化疗为主要手段、以中西医结合为特色治疗肿瘤的科室，南京军区福州总医院肿瘤科从成立伊始就显示出鲜明的技术特色和良好的发展态势。科室自成立以来蓬勃发展，蒸蒸日上。经过十余年持之以恒的精心建设，科室现已发展成为福建地区一个极具规模和特色的专科。
2002年10月，南京军区福州总医院肿瘤科被国家中医药管理局、解放军总后勤部卫生部评为“国家中西医结合肿瘤重点专科”。
2005年2月3日，南京军区福州总医院肿瘤科被国家食品药品监督管理局(SFDA)正式批准为国家药物临床试验机构肿瘤专业点。
2005年12月，南京军区福州总医院肿瘤科因特色突出、管理规范晋升为“国家中西医结合肿瘤重点学科”。
经过十几年发展，南京军区福州总医院肿瘤科已培养出一支以中西医结合防治肿瘤的技术骨干队伍；建立健全了“以化疗为主的中西医结合综合治疗模式”和“医护常规”。科室充分利用南京军区福州总医院多种国内先进水平的大型肿瘤诊疗设备，如PET-CT、螺旋CT、核磁共振、数字减影技术、核素扫描、X-刀、光子刀、全身伽玛刀、氩氦刀、体外高频深部热疗、直线加速器等，形成以化疗为主的综合治疗与特色治疗结合、西医治疗与中医治疗结合、全身治疗与局部治疗结合较为成熟的治疗模式。
在化疗方面，南京军区福州总医院肿瘤科紧跟世界发达国家肿瘤化疗发展的动态，结合患者经济承受能力，及时为患者提供疗效肯定的化疗方案及化疗药物。同时又以患者利益为重，加强与兄弟科室的合作，想方设法为肿瘤患者优化综合治疗方案。
至2009年初，科室有医生13名，其中高级职称5名，中级职称6名，初级职称2 名。科室医生训练有素，其中博士5名，硕士7名。科室形成每周肿瘤内科、肿瘤中医科两套主任查房制度，通过中西医相结合治疗来改善肿瘤患者生活质量、延长患者生存时间，在减少肿瘤患者并发症及化疗、放疗的毒副反应上取得了良好的成效，在提高化、放疗疗效和患者治疗的耐受性等方面亦显示出明显的效果，备受患者的欢迎。经济效益，社会效益获得双丰收。病人收容量从初创时期1996年的400余人次逐年上升到2008年的近5000人次。收治患者来自全国各地，部分侨胞患者特地从海外来肿瘤科寻求治疗。收治的病人主要为以全身治疗为主的中、晚期肿瘤患者，另一部分为手术治疗后、放射治疗后、介入治疗后需要做全身巩固治疗的患者。收容病种丰富，除呼吸系统、消化系统、生殖系统等常见、多发肿瘤外，还收治一些如恶性淋巴瘤、恶性黑色素瘤、多发性骨髓瘤、神经内分泌瘤、间叶瘤等少见病种，在大量的临床实践中积累了丰富的经验。其中尤其对肺癌、胃癌、大肠癌、乳腺癌、淋巴瘤等恶性肿瘤的综合治疗有一套较成熟的方案，获得了较高的复愈率。科学标准化的治疗方案得到了军内外同行和患者的一致认可和好评，在国内外均享有一定的知名度。
在认真开展临床工作的同时，南京军区福州总医院肿瘤科的科研工作、学术交流活动也颇为丰富。近几年，共获得各种基金资助的项目十几项：其中国家自然科学基金1项；福建省自然科学基金2项；福建省青年科技人才基金2项；全军“十一五”课题重点项目1项。共派出科室人员参加国内外各种专业会议近100多人次。编写专著：《肿瘤综合治疗手册》、《实用肿瘤诊疗手册》、《临床辨病专方系列丛书 · 肿瘤分册》等专著。
为改善科室的就诊环境，同时方便患者就医，南京军区福州总医院肿瘤科为每间病房配置了电视、冷暖空调。同时建立了多媒体系统，专门用于支持电脑无线查房系统，并用于肿瘤相关知识的宣传。
