皖南医学院科研处是在校长或主管校长领导下的科研管理职能机构。负责全校科学研究、学科建设及学术交流工作的主管部门，其职责范围如下：
一、根据国家科技发展总方针，按照上级部门有关科技发展规划和年度研究计划，负责制定全校科技发展规划和年度研究计划。
二、负责各级各类研究课题的组织、评审和申报，组织和实施对学校发展有重大意义的跨学科、跨部门和重大研究课题，扶持青年教师科学研究。
三、监督科研计划、合同的实施，定期组织进行课题进度和执行情况检查，帮助课题负责人协调解决有关问题。
四、负责科研经费使用的管理，编制科研经费年度预算。
五、负责各类科研成果的审查、鉴定、登记、管理、奖励等工作。
六、负责制定各项科研管理规章制度和实施细则，并监督执行。做好科技统计和科技保密工作。
七、负责制定学科建设规划、学位点建设、学位申请、受理及遴选硕士生导师等工作。
八、组织和管理学术交流活动。负责本校参加的国内各种学会、协会、科技交流网络以及与外单位建立科技交流、协作关系的组织、联络和管理工作。协调和促进与国外开展学术交流与协作事宜。
九、负责处理校学术委员会、学位评定委员会的日常事务。
十、负责省级和校级重点学科（实验室）评审、论证申报工作，与有关部门共同负责其建设工作。
十一、负责学校科学研究室（所）的建设、校级实验中心的管理和建设。
十二、负责组织校学报的组稿、编审、印刷、发行等事项。
十三、协助进行省级和校级学术骨干、学科带头人培养对象的选拔评审、推荐及管理工作，与有关部门共同负责其培养与提高工作。
十四、协助各职能部门进行与科研和学科建设相关的其他工作，如专业技术职务晋升的科研相关材料的提供、基本统计的科研相关数据等。
十五、做好校领导交办的其他工作。
科研成果
1、医学机能实验教学体系的改革
2、医学心理学课程基本建设的研究
3、《医学免疫学》教学课件和教材
4、医学院校教学质量监控新体系实践
5、核医学辐射防护多媒体制作与应用
6、医科大学生学习素质培养与人才全面发展
7、创建口腔器械学课程，培养学生应用现代医学设备能力
8、医学生法律教学新模式
9、医学统计学教学模式的改革
