皖南医学院医学一系的前身是原临床医学系，临床医学系是学校独立建校后较长时期内唯一的系，历经近50年的办学历史。2007年11月份，根据学校系部调整的整体规划，在原有临床医学系的基础上成立了医学一系，设临床医学专业。随着社会需求的不断变化及中国高等教育的改革和发展，如今医学一系已成为专业设置合理、学科门类较为齐全、综合办学实力较强、教学水平较高、与社会需求基本适应、毕业生颇受社会欢迎的大系。近年来本系在逐步提高教学质量的基础上，每年招收本科生700－800人，现有全日制在校本科学生近3500人，招生对象主要为安徽省省内学生，并有少量外省生源。自学校建立以来，医学一系已向社会输送了1万多名临床医学本科及本科以上毕业生，为皖南及周边地区医疗事业的发展作出了应有的贡献。
医学一系承担着学院一半以上学生的培养任务，及全院各系临床医学的教学工作。教学工作主要依托于附属弋矶山医院，弋矶山医院是一所具有近一百二十年历史的三级甲等医院。现有省临床医学重点学科1个，重点扶持学科4个以及院重点学科5个。其中临床药学、超声医学、普外科、性医学科和核医学科在省内处于领先或先进水平。现有十三个临床教研室，有诊断学实验室、手术学实验室2个实验室，省重点课程1个，硕士学位授权点6个，硕士点涵盖内科学、外科学、妇产科学、神经病学、肿瘤学等5个学科。
