1958年，我校创建了计算机专业，1979年创建了计算机软件与理论专业。1985年，在蔡希尧教授的带领下，成立了计算机软件与理论研究室。1991年，又进一步组建了西安电子科技大学软件工程研究所。2001年，以软件工程研究所为基础创办了西安电子科技大学国家示范性软件学院。
在学科带头人蔡希尧教授、金益民教授和陈平教授的带领下，软件工程研究所在并发理论、对象技术、程序理解、软件安全分析、软件测试与自演化等主流软件工程研究方向上取得了特色鲜明、优势明显的研究成果。其中“一八五船载微波统一测控系统”荣获国家科技进步一等奖，“全国计算机专业评估理论的研究与实践”荣获国家教委（教育部）优秀教学成果一等奖，“XDRC＋＋”在国际开创了基于C++的反射技术研究，“八五”、“九五”和“十五”武器装备预研成果应用于中电集团28所、中国科学院、中国飞行试验研究院承担的军工型号项目中。近年来，更有多篇学术论文发表在IEEE/ACM ASE、IEEE ICSM、IEEE WCRE等高层次软件工程国际会议，研究水平得到了国外同行的认可和肯定。 秉持“学以致用，敢为人先”的理念，软件工程研究所始终站在软件工程研究的主流和前沿。八十年代，在国内率先研究并实践并发与实时系统设计理论。九十年代，在国际上首次研究基于C++的反射技术。2000年以来，在国内率先研究并实践基于动态分析的软件体系架构逆向恢复、软件代码安全漏洞分析、软件进化测试与自演化等前沿软件开发技术。
软件工程研究所现有教师29名，其中24名教师具有雄厚的工业背景及丰富的工程实践经验，4名教师前往美国著名大学学术访问。研究团队年轻有为，朝气蓬勃，勇于创新。软件工程研究所每年招收的博士和硕士研究生超过60名。
软件工程研究所学术氛围浓郁、学术交流频繁，先后邀请2001年ACM图灵奖得主 Kirsten Nygaard教授、IBM TJ Watson 资深研究员Philips S. Yu博士等一流科学家来所讲学交流。
软件工程研究所实验场地1600平方米，拥有包括IBM p610 RISC 6000服务器、IBM X366 SMP服务器、IBM zPro 图形工作站在内的先进实验环境，以及便捷的Internet连接。
