生物系统与生物加工工程研究室始建于1985年，是国内最早从事生物转化过程优化研究的单位之一。研究室以国家需求和学科发展为导向、以解决关键技术问题从而推动产业进步为宗旨、以应用基础和工程技术研究为主要任务，重点研究重要微生物代谢产物的发酵过程优化技术、实现纺织工业清洁生产的酶制剂群的制备技术、有机废弃物资/能源化技术、高浓度难降解有机废水的组合处理系统和反应器的设计与放大。
研究室求实、创新、励精图治，始终发扬“人尽其才，才尽其用”的用人理念，形成了“以人为本，追求卓越、激励创新，宽容失败”的柔性机制，在心有渴望-突破现状的积极心态下营造出愉悦和谐的科研氛围，目前已形成具有教授、副教授共计10人的创新科研团队。是江苏省创新团队和教育部创新团队的主要成员。团队成员包括教授5名、副教授6名、技术人员2名，其中中国工程院院士1名(伦世仪院士)、国家杰出青年基金获得者1名(陈坚教授)、教育部跨世纪、新世纪优秀人才4名(陈坚教授、堵国成教授、华兆哲教授、吴敬教授)、全国优秀博士论文获得者1名(刘立明博士)。在过去的二十多年中，先后完成包括973计划、863计划、国家自然科学基金、国家支撑计划、国际合作计划等国家级、省部级项目60余项。40余项成果被鉴定为国际领先或国际先进水平，12项科技成果分别获得国家科技进步奖二等奖(1项)、省部级技术发明一等奖2项、科技进步二等奖6项、三等奖3项；在《微生物学报》、《生物工程学报》、Applied Environmental Microbial、Metabolic Engineering、等国内外生物工程类主流学术刊物上发表学术论文近400篇，其中SCI论文155篇。申请专利70余项，获得授权发明专利30余项。
科研奖励情况
1
《发酵罐中系列轴向流搅拌桨的研究与开发》，中国轻工科技进步二等奖，1999年；
2
《赖氨酸发酵中试》，上海市科技进步二等奖，1999年；
3
《UASB--CAAS系统处理高浓度有机废水工程技术》，教育部科技进步三等奖，1999年；
4
《废水厌氧和好氧生物处理反应器的研究与应用》，江苏省科技进步三等奖，2001年；
5
《以高产量、高转化率和高生产强度为目标的发酵过程优化技术》，江苏省科技进步二等奖，2003年；
6
《发酵法生产丙酮酸》，中国石油与化学工业学会技术发明一等奖，2003年；
7
《发酵法生产透明质酸》，教育部提名国家科技进步二等奖，2004年；
8
《碱性果胶酶的研制及在印染前处理中的应用技术》，中国纺织工业协会科技进步二等奖，2005年；
9
《国产碱性果胶酶棉织物生物酶前处理清洁化生产技术》，江苏省科技进步三等奖， 2005年；
10
《以高产量、高转化率和高生产强度为目标的发酵过程优化技术》，国家科技进步二等奖，2006年；
11
《Fenton氧化-厌氧颗粒污泥膨胀床-膜生物反应器组合技术处理难降解有机废水的研究与应用》，中国轻工业联合会科学技术进步奖一等奖，2006年；
12
《微生物发酵法生产谷氨酰胺转胺酶》，中国石油与化学工业协会科技进步二等奖，2006年；
13
《棉织物前处理关键酶制剂的发酵生产和应用技术》，教育部高等学校技术发明一等奖，2007年；
14
《发酵过程优化与控制的理论与实践》，第八届中国石油和化学工业优秀科技图书二等奖，2004年；
15
《微生物重要代谢产物――发酵生产与过程解析》，第九届中国石油和化学工业优秀科技图书一等奖，2007年；
16
《在学科建设中培养高质量硕士研究生的实践与探索》，国家教委教学成果二等奖，1997年；
17
《加强实践教学环节，培养创新素质人才》，江苏省教学成果二等奖；2000年；
18
《培养高素质发酵工程研究生科研创新能力的研究与实践》，江苏省教学成果一等奖，2004年。
科研著作情况
1
《环境生物技术》，中国轻工业出版社，1999年6月
2
《环境生物技术应用与发展》，中国轻工业出版社，2001年6月
3
《发酵过程优化与控制的理论与实践》，中国化学工业出版社，2002年3月
4
《环境友好材料的生产与应用》，中国化学工业出版社，2002年6月
5
《环境生物工程》，中国化学工业出版社，2002年10月
6
《发酵工程实验技术》，中国化学工业出版社，2003年6月
7
《微生物重要代谢产物――发酵生产与过程解析》，中国化学工业出版社，2005年11月
8
《高细胞密度发酵技术》，中国化学工业出版社，2006年10月
9
《新型纺织酶制剂的发酵与应用》，化学工业出版社，2007年9月
10
《环境微生物实验技术》，化学工业出版社，2008年6月
11
《纺织生物技术》，化学工业出版社，2008年06月
12
《生化工程》(第二版)，中国轻工业出版社，2008年08月
