内设机构：
自治区海洋局内设海域管理处、海洋环境保护处。
其他：
自治区国土资源厅和自治区海洋局的党群、人事、行政后勤等工作统一管理。
主要职责：
（一）组织实施国家有关海洋法律、法规和规章。依照规定负责有关行政复议，负责提出全区海洋资源地方立法项目的建议，根据自治区人民政府委托，起草有关海洋资源工作的地方性法规、规章，制定规范性文件，组织执行国家的海洋管理技术标准、规程、规范和办法。
（二）组织编制和实施该区海洋功能区划、海洋经济发展规划等综合规划和海洋环境保护与整治规划等其他专项规划。指导和审核沿海市、县海洋功能区划以及海洋经济发展和其他专项规划。管理、组织我区海洋综合调查和资源环境的调查和评价，管理我区海洋基础数据和海洋统计工作，开展重大海洋科技研究。
（三）依法监督管理海域（包括海岸带）使用，负责海域使用项目的论证和审核报批，组织实施海籍管理。按规定实施海域有偿使用制度，监督管理海岛保护和无居民海岛利用。负责我区管辖海域内海底电缆管道的铺设、审批、监督管理及保护，配合国家进行省际勘界，组织实施市、县海域勘界。监督管理在我区管辖海域内进行的涉外海洋科学调查研究活动、海洋设施建造、海底工程和其他开发活动。
（四）依法组织实施污染物排海标准和总量控制制度，依法拟定我区污染物排海标准，按照国家标准监督陆源污染物排入海洋。依法主管防止海洋倾废、海洋工程造成污染损害的环境保护；监督海洋生物多样性和海洋生态环境保护，监督管理海洋自然保护区和特别保护区；组织实施海洋生态恢复与整治，依法审查及核准新建、改建、扩建海岸和海洋工程项目的环境影响报告书。组织海洋环境的调查、观测、监测、监视、评价以及海洋灾害的预报、警报，发布我区海洋环境公报。组织和协调我区海洋应急响应机制建设，制定和完善海洋灾害应急预案，建立海洋应急管理信息平台。
（五）依照国家和自治区海洋管理法律、法规实施巡航监视，查处违法行为，维护海洋开发秩序。监督检查沿海市、县（市、区）人民政府及其海洋行政主管部门行政执法情况，跟踪、评价和监督检查海洋功能区划、海洋经济发展等规划执行情况，负责群众对违法行为举报的处理。依法保护海域所有者和使用者的合法权益，承办并组织调处海域使用的重大权属纠纷。
（六）管理、监督国家和地方财政拨给海洋管理部门的海洋专项经费和其他资金。
