皖南医学院社会科学教育部（简称社科部）是1999年10月在原来的马列教研室和德育教研室的基础上合并而成的。2006年9月与公共卫生管理系合并成立新管理系，2007年3月与管理系分离，恢复社会科学教育部。
社科部现下设思想道德修养与法律基础、中国近现代史纲要、马克思主义基本原理概论、毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想概论四个教研室和一个拥有近两万册藏书的资料室。现有教职工31人，其中教师30人，资料员1人。教师中教授1人、副教授8人、讲师13人，其中具有博士、硕士学位16人（占教师总数的53%）。已形成以青年教师为主体的学历较高、结构比较合理、较为稳定的师资队伍，有力地保证了思想政治理论课教学质量的提高和医学人文、社会科学课程教学的开展及不断丰富和扩充。
社科部现开设各类必修课和选修课共十多门，其中，在全校本科生中开设《思想道德修养》、《法律基础》、《马克思主义哲学原理》、《马克思主义政治经济学原理》、《毛泽东思想概论》、《邓小平理论和“三个代表”重要思想概论》（“98方案”课程，2006级以前本科生开设）《思想道德修养与法律基础》、《中国近现代史纲要》、《马克思主义基本原理概论》、《毛泽东思想、邓小平理论和“三个代表”重要思想概论》（“05新方案”课程，2006级以后<含2006级>本科生开设）、《形势与政策》等必修课和《医学伦理学》、《医学科技写作》、《美学》、《大学语文》等选修课，在研究生中开设《自然辩证法概论》和《科学社会主义理论与实践》两门必修课。在教学过程中，突出思想政治理论课教学的针对性和实效性，努力提高教学质量，认真做好“05新方案”实施工作，充分发挥社科部在我校大学生思想政治教育中的主渠道、主阵地作用。近年来，社科部不断提高思想政治理论课教学的创新水平，努力探索新的教学方法和教学手段，已初步形成具有我部特色的思想政治理论课教学模式。
在教学研究和科学研究工作中，近年来，社科部承担省哲学社会科学规划课题1项，省教育厅科研项目4项，校级科研课题10项，在省内外学术刊物发表论文80多篇，参编及编著教材7部，获省社会科学界联合会社科优秀成果奖1项，3人获安徽省优秀德育工作者称号，3人获校优秀教师称号。
