为了适应我国农业迅速发展的需要，切实贯彻上海市“科教兴市”、“人才强市”战略，推动上海经济的进一步发展，加快构建上海都市型农业现代化进程，由上海海洋大学与上海农业科学院组合建立上海海洋大学农业研究院（以下简称“农业研究院”）。
农业研究院以培养研究生为主，推动双方科研、教学全方位合作，形成高校教师和科研院所研究人员之间有序、合理的流动机制。
农业研究院同时悬挂上海市学位委员会统一制作的“上海研究生联合培养协作单位”的称号。
农业研究院下设四个中心：农业生物技术中心、农业遗传育种中心、农业环境科学与工程技术中心、应用微生物技术中心。中心由双方教师和研究人员组成，作为研究生培养基地和科研合作平台。