《上海海洋大学学报》（原《上海水产大学学报》）创刊于1992年，是由上海市教委主管、上海海洋大学主办，以水产科学技术为主的综合性学术期刊。在反映学校各学科科学研究的同时，兼收国内外水产行业最新科学研究动态和成果，促进了学术与教学研究的交流与繁荣。至2006年《上海海洋大学学报》已出版了15卷，期页码为128页。主要栏目有研究论文、研究简报、综述等。
《上海海洋大学学报》每年与日本、韩国、菲律宾、英国、加拿大等国的有关机构和图书馆建立期刊交流关系，并通过中国国际图书贸易总公司对国外发行。除书本式发行外，《上海海洋大学学报》还加入了《中国科技期刊（光盘版）》的发行和万方数据资源系统数字化期刊群，通过因特网加强了与国内外读者、作者的交流，扩大了刊物的学术影响力。
据2006年版《中国科技期刊引证报告》（中国科学技术信息研究所）数据显示，《上海海洋大学学报》影响因子由原来的0.287提高到0.368，在全国水产类科技期刊中排名第4位，居上海市高校学报（自然科学版）首位。总被引频次为原来的200提高到291，在全国水产类期刊中排名第5位。据2005年版《中国学术期刊综合引证报告》（清华大学光盘中心）统计的文献计量指标为：影响因子由原来的0.490提高到0.542，总被引频次由原来的331提高到438。
《上海海洋大学学报》作为文献源被《化学文献》（CA）、《水科学和渔业文摘》（ASFA）、《中国科学引文索引》《中国生物学文摘》、《中国水产文摘》等众多国内外检索期刊收录。
《上海海洋大学学报》被北京大学图书馆定为“中文核心期刊”、被中国科学院文献情报中心定为“中国科学引文数据库来源期刊”、被中国科学技术信息研究所定为“中国科技核心期刊”。
2006年，《上海海洋大学学报》荣获教育部科学技术司颁发的“首届中国高校优秀期刊奖”。
