该院于2002年8月21日，经兵团编委批准（兵编发[2002]78号《关于成立农七师中医院的批复》成立，由国家投资兴建。当时定院名为“新疆生产建设兵团农七师中医院”，后经兵团编委批准更名为“新疆生产建设兵团奎屯中医院”。该院是兵团系统内唯一的一所公立性中医院，也是中国中医研究院在西北地区唯一的一所附属中医医院。院名：中国中医研究院附属奎屯中医院。该院2003年6月6日动工，2004年6月6日试营业，编制床位200张，主要分内、外两大科室十个特色专科、两个基地（中国中医研究院科研基地、中草药生产基地）和四个中心（放疗中心、制剂中心、康复中心、北疆中草药集散中心）。