延边大学地处东北亚地区，由于有着优越的地理环境和特殊的文化渊源，对东北亚领域的研究已经有50多年的历史。延边大学刚建校，就设置了朝鲜语言文学和朝鲜历史课程；五十年代，开始有教师研究朝鲜学等，撰写了论文、编写了教材，并与朝鲜金日成综合大学、平壤师范大学及朝鲜科学院等建立了学术交流关系。六十年代，历史系组织教师完成了我国学者编写的最早的朝鲜历史著作——《朝鲜历史简编》。七十年代末、改革开放以来，延边大学东北亚研究得以蓬勃发展，九十年代中期，延边大学在该领域就已设立2个博士点，8个硕士点。延边大学于1997年5月设立的东北亚研究院，首任院长由姜孟山教授担任，当时下设朝鲜问题研究所、朝鲜语言文学研究所、日本研究所、东北亚经济研究所、东北亚国际政治研究所、东北亚地理研究所、中朝日三国关系研究所、哲学思想研究所等9个研究所，初步建立了东北亚研究学科群。
根据吉社科办[1998]1号文件《关于建立省哲学社会科学研究基地的决定》的精神，延边大学东北亚研究院承建吉林省东北亚研究基地，1998年11月18日，吉林省哲学社会科学东北亚研究基地成立大会在延边大学校部四楼会议室举行。成立大会上，省哲学社会科学规划办主任池彪宣读了《关于建立省哲学社会科学研究基地》的决定，并向延边大学发放了基地名牌匾，孙东植校长宣布了延边大学东北亚研究基地领导小组名单，领导小组秘书长姜孟山宣读了东北亚研究基地章程，领导小组组长、东北亚研究基地主任、原延边大学校长朴文一教授介绍了延边大学东北亚学研究概况和近期研究目标。
2003年12月，根据延大党发[2003]17号文件《关于进一步深化科研机构改革的方案》精神，东北亚研究院与东方文化研究院合并，合并的东北亚研究院与中朝韩日比较文化研究中心、吉林省东北亚研究基地合署办公，一套人马三块牌子。2006年10月，根据延大校发[2006]218号文件，在“关于加强人文社科类省部级研究基地管理的通知”中对东北亚研究院所属研究所及管理模式、聘任制等做出新的规定和调整。现阶段，延边大学东北亚研究院主要由所属的五个研究所（中心）构成，东北亚经济研究所、东北亚国际政治研究所、东北亚法律问题研究所、图们江地区开发研究所、东北亚旅游资源开发中心。
东北亚研究院是延边大学“九五”、“十五”“211工程”重点学科建设项目——“东北亚研究与图们江流域开发”项目的承建单位和依托基地。现阶段，东北亚研究院正在承担延边大学“十一五”“211工程”重点学科建设项目——“东北亚各国经济合作与环境研究”项目，是该项目的组织实施单位和依托基地。
