中国科学院院士、华中农业大学生命科学技术学院院长张启发教授提出的水稻新概念，即基本不打农药、少施化肥、节水抗旱的绿色超级稻。
“世界农业领域正孕育着一场新的科技革命，在这场被称为第二次绿色革命的新科技革命中，转基因农作物的研发和推广将发挥不可替代的作用。”张启发表示，此前中央提出要“加快推进转基因生物新品种培育科技重大专项，尽快培育一批抗病虫、抗逆、高产、优质、高效的转基因新品种，并促进产业化”，不仅给他和他的团队注入了强大的信心，同时也指明了方向。
张启发指出，在过去半个世纪里，我国的水稻育种实现了两次重要突破：第一次是上个世纪60年代矮化育种的成功，把水稻产量提高了20%～30%；第二次是上世纪70年代中期杂交水稻的研究成功，水稻产量在矮秆良种的基础上又增长20%左右。上世纪90年代中期，我国的水稻育种界又提出以利用水稻亚种间杂种优势为主的超级稻计划。
“通过近10年的努力，该计划已取得较大成功，但要使超级稻的产量潜力在大面积生产中得以实现，除要求高产、优质外，还应重点解决以下问题。”张启发说。
一是增加品种的抗病虫性，减少农药的施用量。高产栽培中的病虫危害逐年加重，喷施大量农药既加重农民的负担，使农民增产不增收，又严重破坏人类赖以生存的生态环境，还造成食物中的农药残留，危害人类健康。
二是培育肥料高效利用的品种，在保持高产、稳产的同时降低肥料用量。我国很多地区稻田的施肥量已经超过了土地的承受能力，大量施肥除加重农民负担外，土壤退化、江河湖海的富营养化正成为农业和环境可持续发展的严重障碍。
三是培育耐旱品种，降低水稻用水。我国农业耗水约占全国总耗水量的70%，而水稻的用水约占整个农业耗水的70%。我国西北地区长期缺水、华北地区旱灾频繁，由于雨量分布在季节上不平衡，旱灾在长江流域和华南稻区的发生频率近年也有很大提高。倾注十年心血
1999年，在浙江大学召开的一次学术研讨会上，中科院院士李振声提出“要为第二次绿色革命准备基因资源”。“这迫使大家冷静下来，认真地思考。”张启发说，最后大家讨论的结果就是10个字：“少投入、多产出、保护环境”，各类作物育种品种的方向和目标应该用这10个字来权衡。
2001年，由张启发建议，农业部“948计划”确定“参与全球水稻分子育种计划”研究作为重大项目立项。同年，中国科学家成功完成世界上第一张籼稻全基因组物理图谱。随后，国内水稻科研协作平台建立并开始运作。
经过不断努力，张启发和他的团队成功克隆出大量新基因。“新品种最后到底叫什么名字，颇费一番思量。”张启发对记者笑谈道。曾有同行建议叫“金色水稻”，但张启发依然坚持自己的想法。在他看来：“绿色可以给人最好的联想，比如环保、希望……”
2004年9月，张启发在第46期东方科技论坛上发表文章，提出了“绿色水稻”的概念，成为这个广受关注的水稻品种的第一个“曾用名”。在这个论坛上，他指出：“绿色水稻的培育将有效地缓解经济快速发展、人口增加对资源的需求与环境可持续发展的尖锐矛盾。”
2005年，《分子植物育种》发表了三篇学术论文。分别是张启发撰写的《绿色超级稻培育的设想》，中国农科院、IRRI（国际水稻研究所）的黎志康所写的《我国水稻分子育种计划的策略》，上海市农业生物基因中心的罗利军撰写的《水稻等基因导入系构建与分子技术育种》。三位科学家分别从不同层面和角度思考了同一个问题，即“水稻育种的长远、可持续发展”。由此，“绿色水稻”正式更名为“绿色超级稻”。
2008年12月23日，湖北省绿色超级稻工程技术研究中心在华中农业大学挂牌成立，为“绿色超级稻”战略构想的实现打下了坚实基础。
