内蒙古大学数学科学学院于2008年成立，其前身可追溯至1957年建校时成立的数学系。建校伊始，由于在高等学校的建设和发展中，数学科学在各学科领域中所处的极端重要地位，内蒙古大学在筹建过程中，就深谋远虑，特别注重数学学科的创建和建设工作，1957年由北京大学等全国知名院校直接调拨学科带头人、学术骨干及图书文献资料高起点创办，成为内蒙古大学成立时即创建的六个系之一。
学院成立以来，已为国家、自治区培养了3500多名优秀人才，其中博士、硕士研究生450多名，毕业生遍布国内外，很多已成为著名专家、学者，内蒙古自治区自己培养的首位博士就出在该院数学系。