根据巴勒斯坦和以色列达成的关于巴勒斯坦自治协议，巴民族权力机构是一阶段性、过渡性的自治机构，主要负责管理巴自治区内除外交、安全以外的所有民事。
1993年9月，巴勒斯坦解放组织与以色列在华盛顿签署了巴勒斯坦自治《原则宣言》，允许巴勒斯坦人先行在加沙－杰里科地区实行自治，巴最终地位的谈判在1999年5月4日前解决。1994年5月4日，巴解组织执委会主席阿拉法特和以色列总理拉宾在埃及首都开罗正式签署关于实施加沙—杰里科自治原则宣言的最后协议。同年5月12日，以阿拉法特为主席的巴勒斯坦自治领导机构成立，并首先在加沙和杰里科实行自治，随后自治范围扩大到约旦河西岸。
1994年5月26日，巴自治领导机构在突尼斯举行首次会议。会上通过了关于加沙和杰里科自治区临时自治时期的政治纲领，重申了建立一个以耶路撒冷为首都的巴勒斯坦国的目标。7月11日，阿拉法特结束了27年的流亡生活返回加沙定居后，巴勒斯坦自治领导机构从突尼斯迁往加沙和杰里科。
巴勒斯坦民族权力机构成立于1996年1月20日。根据巴以关于扩大巴勒斯坦在约旦河西岸自治协议的安排，巴勒斯坦举行历史上首次大选，选举巴勒斯坦民族权力机构（自治政府）主席和巴勒斯坦立法委员会。阿拉法特当选为民族权力机构（自治政府）主席。2月12日，阿拉法特正式宣誓就职。5月9日，阿拉法特组成自治政府内阁。
2001年12月初，由于巴一些激进组织制造了一系列针对以色列目标的袭击事件，以色列把巴民族权力机构定为“支持恐怖活动的实体”，并决定断绝同阿拉法特的联系，巴民族权力机构处境十分艰难。
阿拉法特去世后，2005年1月9日，机构主席选举举行。马赫姆得·阿巴斯以62.3%的选票当选。新一界立法委员会选举于2006年1月25日举行。哈马斯赢得立法委132个席位中的74席，远远超过其他党派。2月18日，立法委员会宣誓就职并召开第一次会议。会议选举哈马斯领导人阿卜杜勒·阿齐兹·杜维克为立法委员会主席。3月29日，由哈马斯组建的巴勒斯坦新政府宣誓就职，总理为伊斯梅尔·哈尼亚。
目前，巴民族权力机构已经在加沙地带60％和约旦河西岸42．9％的土地上实行完全自治，巴控制的实际面积约2500平方公里。
