国家级生态功能保护区，是指跨省域和在保持流域、区域生态平衡，防止和减轻自然灾害，确保国家生态安全方面具有重要作用的江河源头区、重要水源涵养区、水土保持的重点预防保护区和重点监督区、江河洪水调蓄区、防风固沙区、重要渔业水域以及其他具有重要生态功能的区域，依照规定程序划定一定面积予以重点保护、建设和管理的区域，由省级人民政府提出申请，报国务院批准。
目前全国共有18个国家级生态功能保护区建设试点。
阴山北麓科尔沁沙地国家级生态功能保护区三江平原国家级生态功能保护区 南水北调东线水源区国家级生态功能保护区 沿淮调蓄洪区国家级生态功能保护区鄱阳湖国家级生态功能保护区东江源国家级生态功能保护区淮河源国家级生态功能保护区 鄂西北山区国家级生态功能保护区洞庭湖国家级生态功能保护区 海南中部山区国家级生态功能保护区 若尔盖-玛曲国家级生态功能保护区 滇西北国家级生态功能保护区 雅鲁藏布江源头国家级生态功能保护区 秦岭山地国家级生态功能保护区黑河流域国家级生态功能保护区长江源国家级生态功能保护区黄河源国家级生态功能保护区塔里木河国家级生态功能保护区
