上海市儿科医学研究所（儿研所）创建于1978年，是一所集基础与临床研究、教学和预防任务的应用医学研究机构。德高望重的著名儿科专家高镜朗教授是上海市儿科医学研究所第一任所长。著名儿科教授郭迪、丁文祥、吴圣楣和蔡威教授先后担任儿研所所长。
儿研所建立以来一直活跃在儿科医学发展的前沿，近十多年来，先后获得市级以上课题120余项，荣获国家级、部级、市级科研奖20余项。是上海交通大学医学院儿科“211”工程、上海教委重点学科儿科学的研究基地。卫生部中国遗传医学中心新生儿筛查和遗传代谢病部（1988～）, 率先开展了新生儿筛查；世界卫生组织儿童体格生长和社会心理发育合作中心（1986～）, 是世界人口基金会P06项目的牵头单位；最近成立了小儿遗传疾病诊治中心。
儿研所拥有上海新华医院和上海市儿童医学中心的临床基地，经过近三十年的成长历程，研究领域已经覆盖了小儿内外科和儿童保健等各个专业，目前含有小儿遗传代谢、内分泌疾病、细胞分子遗传、营养消化研究室、环境医学、免疫/肿瘤、组织工程和围产医学等12个研究室。
儿研所始终保持着与国际同行研究机构之间、著名的学术带头人之间的学术交往与联系，注重引进发达国家儿童医疗卫生机构的最新实验诊断与治疗技术，为儿科事业的发展起到了积极的促进作用。为儿科培养了大批硕士、博士等优秀人才。10余名留学人员学成归国，为研究所的发展注入了新的活力。先后有3名科技骨干入选上海市科技启明星，入选银蛇奖和国家教育部师资计划各1名，2名上海市科委学科带头人，2名上海市教委优秀青年人才。2名上海市卫生局百人计划。儿研所有高级医务人员22名，博士生导师7名，硕士生导师8名，研究室主任大多是具有渊博知识、高超医术和高尚医德的留学深造归国人员或学业有成的专家担任。儿研所所长为具有学科团队的灵魂人物和具有杰出的管理能力的医学领军人才。
儿研所拥有串联质谱仪、气相质谱-联用仪、高效液相色谱、染色体自动分析仪气相色谱仪和流式细胞仪等一批先进设备和设施。
