甘肃中医学院第二附属医院原名为甘肃中医学院附属医院，由学院创建于1991年，1997年10月更名为现在的甘肃中医学院第二附属医院，是学院重要的临床教学基地。医院现有编制床位400张，是一所中医特色浓厚，临床科室齐全，集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的三级甲等医院。为全国针灸临床研究中心甘肃分中心、甘肃省中西医结合肾病治疗中心。
医院编制床位400张，占地面积1.7万多平方米，总建筑面积4万多平方米，各类医用建筑面积3万多平方米。有博士生导师1人，硕士生导师29人，甘肃省优秀专家1人，5人入选甘肃省“555”、“333”人才库，5人被评为甘肃省卫生厅中青年学术技术带头人。医院设有17个行政科室，42个临床医技科室，其中15个一级临床科室，13个二级临床科室，14个医技科室。30个专病门诊，4个省级重点学科，4个省级重点中医药专科，3个省级二级实验室，8个硕士生培养基地，1个博导工作站，15个临床教研室。
医院临床科室设有急诊科、ICU、内科、外科、妇产科、儿科、针灸推拿科、肛肠科、骨伤科（3个）、耳鼻喉科、口腔科、眼科、皮肤疮疡科、神经心理科、麻醉手术科等科室等15个一级临床科室。中西医结合呼吸科、中西医结合心肾科、儿科、中医骨伤科等4个科室为省级重点学科。中医骨伤科、肾病科、儿科、神经心理科等4个科室为省级重点中医药专科，针灸推拿科为省级重点中医药专科建设科室。消化肿瘤科、肾病科、心内科等3个科室为省级二级实验室。
内科系统有呼吸科、老年病科、心内科、肾病科、消化科、内分泌科、神经心理科等5个二级临床专科。外科系统有普外科、创伤外科（骨伤一科、骨伤二科、骨伤三科）、风湿骨病科、皮肤疮疡科、乳腺病专科等7个二级临床专科。
医院医技科室设有药剂科、检验科、手术室、病理科、输血科、放射科、功能检查科、消毒供应室、心电图、脑电图室、消化内镜室、支气管镜检查室、泌尿科检查室、制剂中心等14个部门。
医院配置有飞利浦螺旋CT、德国产全自动生化分析仪、日本产奥林巴斯胃肠镜、彩色多普勒超声诊断仪、经颅多普勒、脑电图，德国产800mAX光机，数字化减影机、C型臂、腹腔镜，有先进的血气分析仪、多导睡眠分析仪、纤维支气管镜、骨密度仪等大型高精尖医疗设备。建成10万级的符合国家GPP标准的制剂室，拥有颇具特色和疗效显著的内部制剂50余种，基本满足了医疗的需求。
医院为积极响应送医疗下社区的卫生政策，切实为人民群众解决看病难的问题，于2005年6月创办了甘肃中医学院附属医院拱星墩分院。分院地处兰州东大门，实用面积500多平方米，设有内科、儿科、妇产科、针灸推拿科等临床科室和放射科、检验科、功能检查科等医技科室。分院交通便利，设备先进，人性化服务，科学化管理。
多年来，医院始终坚持以邓小平理论和“三个代表”重要思想为指导，发扬“人一之，我十之；人十之，我百之”的甘肃精神，坚持以人为本，落实科学发展观，认真贯彻落实党和国家新时期卫生工作方针和大力加强中医药的战略决策，遵循“求实、创新、诚信、自强”的医院精神，始终坚持“以人为本”的服务理念和“以病人为中心”的服务宗旨，把医疗质量上乘，服务质量一流；人才结构合理，管理规范科学；中医特色突出，社会影响广泛；就医环境舒畅，硬件设施优良；管理科学化、技术前沿化、服务优质化、环境舒畅化，经济效益和社会效益显著化作为奋斗目标，努力打造甘肃百姓放心、满意的、富有特色的、充满活力和独具魅力的，在西北地区有一定影响力的现代化、综合性三级甲等品牌中医医院。
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