替代审计程序是指原来（了解被审计单位及其环境）确定的程序无法执行，注册会计师为了实现同一审计目标，必须执行另外一项程序。
比如因为客观原因（天气变化），注册会计师无法执行监盘程序，就应当执行替代程序，包括检查有关存货的收发凭单等原始凭证，虽然这一程序在效果上不如直接监盘好，也应当执行；或者原来已经执行的程序无法实现既定的审计目标，注册会计师同样应当执行替代审计程序，比如通过执行变量抽样测试发现，推断的总体误差过大，注册会计师不再信赖抽样结果，因此为了实现同一审计目标，注册会计师可能执行更为详细的[1]实质性程序。
运用：
替代审计程序是原程序无效，注册会计师必须执行其他程序以替代原计划的程序，替代程序改变了计划程序的性质。
① 通常只有在所涉及的发现错报超过注册会计师认可的程度时，比如汇总错报超过报表层重要性水平，或者涉及的舞弊、违反法规行为异常重大，注册会计师才需扩大审计范围，从而将整体审计风险降低至可接受的水平；
②如果既定的审计程序无法实施或者已实施的审计程序无法实现既定的审计目标，注册会计师就应当考虑执行替代审计程序。
