物种普查是一项关于地球上生物种类、分布及其变化情况的科学考察工作。例如，海洋生物学家正在执行一项长达二十年的全球海洋生物普查计划，以期回答包括线虫类动物是否主宰着海洋王国等在内的各种问题。这项耗资10亿美元的研究，囊括了来自世界50个国家的数百名科学家，由各国政府和一个美国基金资助。普查的最终目标是构建一幅详细图谱，标明各种海洋生物曾经生活过的地方和现在生活的地方。
物种普查可以依据普查对象不同，划分为动物普查、植物普查和微生物普查；也可以依据普查区域不同，划分为水域物种普查、陆地物种普查和空中物种普查。