目前，只有得到了确定功能的基因才能申请专利。
同时还要考虑得与已经公布的序列不相同和不相近似。
如果目前公开了序列但是不知道用途，而你们的发明是得到了该用途，也可以申请专利。
人类基因组发现的基因几乎都已经被抢注专利了。
对以上内容的解释：
大家通常所说的“基因专利”其实是不准确的。严格的说，大家通常所说的“基因专利”应该是某个（脱氧）核苷酸序列本身的专利、这个（脱氧）核苷酸序列的功能（用途）专利、这个（脱氧）核苷酸序列的制备方法专利的总称，某些情况下，还会进一步包括由该（脱氧）核苷酸序列得到的氨基酸序列的专利。
更进一步的解释，就是，一段新发现的（脱氧）核苷酸序列（而不一定是一个基因，比如干扰RNA），只要明确了其功能，就可以对这段（脱氧）核苷酸序列本身、这段（脱氧）核苷酸序列的新发现功能申请专利，如果这段（脱氧）核苷酸序列是采用特殊的制备方法制备的，比如得率高之类的，该方法本身也可以申请专利。当然，对已知的某个（脱氧）核苷酸序列发现新功能，或者更好的制备方法，也可以对该新功能或制备方法申请专利。需要注意的是，能否申请专利主要是看是否“发现”了这个（脱氧）核苷酸序列相关的“新效果”，与这个（脱氧）核苷酸序列跟已经公布序列的近似程度（同源性）大小无关。比如，只改变一个已公布基因的一个碱基后，其表达效率明显提高，则改变后的基因就可以申请专利，虽然整体序列变化很小；反过来，即使你把一个已公布序列的碱基改变了50%以上，其所有的功能都没有改变，也仍然不能申请专利。
总之，涉及到基因、蛋白申请专利的事情，都比较复杂，最好是委托正规的专利代理人来协助处理，尤其应该委托具备现代分子生物学技术背景的专利代理人。
