2001年7月,盐田区政府和深圳大学师范学院在盐田中学和盐田小学的基础上,合作创办了深大师院二附校,系国有民办体制学校。2007年8月,根据国家民办教育发展的相关政策,深大师院二附校移交盐田区政府管理,恢复公办体制。区教育局副局长孔祥钰介绍,此次中小学分设并分别更名为盐港中学、盐港小学,是盐田区教育布局调整的一部分,两校分设办学后,盐港中学高中部将办成职业高中,突出职业教育特色和盐田地方特色;盐港小学也将努力办成东部一所比较好的小学,让家长满意。
目前,盐港中学、盐港小学仍然使用原深大师院二附校校舍,但行政人员和教师队伍已经完全分开。盐港中学校长由原深大师院二附校校长唐时行担任,盐港小学校长由原梅沙小学校长刘泽斌担任。