1、建立
唐开成五年（840年），漠北回鹘（788年回纥改称）汗国都城被黠戛斯攻破，回鹘相馺职及其外甥庞特勤率十五部西迁北庭葛逻禄地区。庞特勤避开了吐鲁番一带的□跌氏回鹘势力，而把自己的势力扩充到龟兹、阿克苏、伊塞克湖一带，然后以龟兹、焉耆为中心自称叶护。当他闻悉乌介及揭捻可汗相继失败后，就在大中二年（848年）初在龟兹称汗，庞特勤创建高昌回鹘和龟兹回鹘后，并遣使至唐进贡，唐朝即册封其为怀建可汗。唐懿宗时（860-873年），庞特勤下属的酋长仆固俊越过天山，进入高昌、龟兹等地，成为喀喇汗朝的一个大领主，并与吐蕃势力开展了争夺要地之战。宋太平兴国六年（981年）仆固俊的后裔自称“阿尔斯兰汗（狮子王）”，脱离喀喇汗朝而独立。
这一时期的龟兹回鹘与原有的回鹘是有所不同的。龟兹从古代起就有不同民族融入龟兹族内。最显著的并为中外史书称道的龟兹月氏、龟兹乌孙、龟兹匈奴、龟兹突厥等就证明曾有不少的月氏、乌孙、匈奴、突厥人融入龟兹境内。到庞特勤部回鹘迁入龟兹后形成的龟兹回鹘的新名称。所以《宋史·龟兹传》特称龟兹回鹘为“回鹘别种”。
龟兹回鹘和高昌回鹘仿效喀喇汗朝政制，实行“双王制”，其王均称阿尔斯兰汗（狮子王），王朝的最高统治者称“亦都护”（意为“幸福之王”），亨有世袭王位的权力。《宋史·龟兹传》记载，龟兹“或称西州回鹘，或称西州龟兹，又称龟兹回鹘”。这就告诉我们，龟兹回鹘属于高昌回鹘王国之内，双王制则分设在龟兹和高昌两处，它们既可独立对外，又可合一对外。
2、经济发展
龟兹回鹘的主体是西迁回鹘中的庞特勤一支。由于回鹘的汗族居于该部，故而又称为Sar1ьur，意为“中心回鹘”、“中央回鹘”、“高贵的回鹘”或“正统的回鹘”。沙州回鹘与西州回鹘间不存在隶属关系，而是龟兹回鹘的一支，是与沙州曹氏归义军政权和睦相处、风雨同舟的回鹘群体。敦煌并不存在一段沙州回鹘(龟兹回鹘)统治的时期。龟兹回鹘是现代裕固族的主要族源，亦是操用罗布方言的雏吾尔人的先民。现代裕固族东、西两部分在语言等文化层面的差异，以及雏吾尔语罗布方言的独特性，正是古代龟兹回鹘集团语言等文化层面构成特点的保留和体现。
3、灭亡
龟兹回鹘，或称西州龟兹，又称龟兹回鹘。9世纪回鹘分裂后，迁居龟兹的回鹘人所建。国主自称师子王，身穿黄衣，头戴宝冠，与宰相九人共治国事。国城有市井无钱币，以花蕊布来交易。特产有米麦瓜果。西至大食国要走六十日，东至夏州要走九十日。宋朝咸平四年（1001年）、大中祥符三年（1010年）、六年、天禧元年（1017年）、四年、天圣二年（1024年）、七年、九年、景祐四年、熙宁四年、五年、绍圣三年，龟兹前后遣使向宋朝朝贡十二次。景祐四年（1037年），宋仁宗赐以佛经一藏。熙宁四年（1071年），使者为李延庆、曹福。五年（1072年），使者为卢大明、笃都。绍圣三年（1096年），使者为大首领阿连撒罗等三人，以表章及玉佛至洮西。熙河经略使以其通使稀少，请宋哲宗皇令在熙、秦二州买卖。11世纪末，被高昌回鹘吞并。
