哈尔滨商业大学食品工程学院始建于1958年，创建伊始为土特产品系，设食品商品和土特产品两个专业，中专学制；1961年经过调整，系名更改为农副产品系，设食品商品和公共饮食业与技术两个本科专业，开始招收食品专业本科生；1964年系名更改为食品商品系；1981年专业更名为食品加工专业；1984年系名更改为食品工程系，设食品工程和制冷及食品冷冻工程两个本科专业；1982年开始与天津轻工学院联合招收食品工程
专业硕士研究生；1986年正式获得食品工程专业硕士学位授予权。在1993年全国本科专业目录调整后，专业更名为食品科学与工程专业。2001年食品工程系与制药工程系、化学教学中心合并，成立食品与药物工程学院；2003年院系调整，食品工程学院正式成立。2006年获食品科学专业博士学位授予权。
学院经过近五十的发展与建设，形成了一支结构合理、教学经验丰富、学术造诣较深的师资队伍。学院现有教职工73人，专任教师70人，其中教授15人，副教授19人，高级工程师8人，具有博士学位的教师11人，具有硕士学位的教师32人。硕士生导师28人，博士生导师2人，享受国务院政府特殊津贴的专家2人，享受省政府特殊津贴的专家1人，省级学科带头人2人。
学院目前教学与科研设施比较齐全，在充分共享哈尔滨商业大学大学的网络系统、图书资料及其他各种教学资源外，还拥有约7000平方米的实验教学、科学研究和办公用房。新调整改建后的学院大楼，设有生物工程实验室、食品安全实验室、环境工程实验室、食品工艺实验室、化学中心实验室、分析检测中心实验室及食品科学与工程省级重点实验室，实验室总面积5480m2，仪器设备总金额达1150万元，为我院的教学、科研创造了较好的硬件支撑条件，为学生创新意识和实践能力的培养提供了保障。
半个世纪以来，该院的几代师生为学院的学科专业建设和人才培养付出了艰辛的努力。1989年，该学科专业创始人之一已故吴孟教授主持完成的“食品加工专业改造”项目获国家优秀教学成果二等奖；1996年食品工程教研室获黑龙江省教委优秀教研室荣誉称号；“十五”期间学院共获得校级以上优秀教学成果奖16项。有20余人次获得校级以上优秀教师或先进个人等称号。该院的核心学科──食品科学学科，自20世纪70年代末开始，围绕着黑龙江的优势资源──大豆、玉米、小麦及特色果疏资源，就大豆蛋白的物化特性及开发技术、谷物膨化机理及技术、谷物化学与烘焙食品的开发、果疏生理及绿色保鲜技术等领域开展了大量的研究工作，取得了丰硕的成果。到“十五”末取得科研成果145项，获得各级政府奖励共38项，获得发明专利10项，出版学术专著与教材55部，发表学术论文1432篇。科研成果的转化取得了良好的经济效益和社会效益，为地方经济的发展做出了积极的贡献。
学院十分注重国内外的学术交流，先后与英国利兹大学（LeedsUniversity）和龙比亚大学建立了联合培养本科和硕士研究生的关系、与日本东京海洋大学建立了互派教师及联合培养硕士研究生的关系、与俄罗斯新西伯利亚国立技术大学建立了科研协作关系。与爱尔兰、比利时、加拿大等国家的高校和科研机构开展了学术交流。学院积极鼓励教师参加国内外的学术会议及相关的学术团体，学院的多位教师在与该院学科专业相关的学术团体中担任常务理事、理事等职，黑龙江省食品科学技术学会和黑龙江省发酵工程学会挂靠于该院。学院还积极选派教师出国进修或合作研究，邀请国内外专家学者来访讲学。学院在国内相关学科领域的影响力不断提升。
