恩萨·罗桑丹珠 三世班禅，于藏历第八绕迥之木牛年(1505年，明弘治十八年)正月初四在后藏恩萨地力降罗桑丹珠11岁时，到拉仁孜寺出家为僧，拜该寺格白堪钦为师，受了沙弥戒，少年时期，主要学习显宗。后来到后藏各寺院，拜许多高僧为师，研习《集密金刚灌顶》、《菩提道次第广论》、《时轮金刚》、《大威德金刚》等经法，对显密二宗有了较深造诣。
中年以后，曾云游后藏各地，宣讲格鲁派教义。他招收了许多门徒，对格鲁派在后藏的发展，作了一定贡献。晚年一直在恩萨寺内闭关静修，并撰写了一部阐述格鲁派教义的著作。由于罗桑丹珠在后藏地区有较高声望，恩萨寺僧众确认他为索南曲朗的转世活佛，后来被追认为三世班禅。
罗桑丹珠于藏历第九绕迥之火虎年(1566年，明嘉靖四十五年)二月二十三日圆寂，享年62岁。