南昌航空大学自动化学院成立于2006年3月，是由1999年4月成立的测试技术与控制工程系升格而成，主要由学校原电子工程系测控技术与仪器（原无损检测）教研室、应用工程系电气教研室、电工教研室、大学物理教研室及电工实验室等单位组建并发展而来。
学院现设有“测控技术与仪器”、“自动化”、“电子科学与技术”、“生物医学工程”四个本科专业和“测试计量技术及仪器”、“光学工程”、“控制理论与控制工程”、“信号与信息处理”、 “物理电子”、 “生物医学工程”、“精密仪器及机械” 等七个硕士学位授予点。其中，“测控技术与仪器”为国家特色专业， “自动化”、“电子科学与技术”专业为江西省高等学校本科品牌专业，“测试计量技术及仪器”硕士点为江西省高等学校示范硕士点，“测试计量技术及仪器”、“光学工程”、“控制理论与控制工程”学科为省级重点学科。学院还承担全校《大学物理》与《电工电子技术》二门基础课程的理论与实验教学工作。学院的教学与科研工作硕果累累，发展前景良好。